226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0010 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0010  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 248 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000255714 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0008  LamB/YcsF family protein  62.03 
 
 		 246 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000119793 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0006  LamB/YcsF family protein  63.09 
 
 		 242 aa  288  6e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154728 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0021  hypothetical protein  50.66 
 
 		 241 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312119 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0027  LamB/YcsF family protein  47.66 
 
 		 247 aa  230  1e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.529091  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4381  LamB/YcsF family protein  50.21 
 
 		 246 aa  229  4e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.284094  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4365  LamB/YcsF family protein  47.66 
 
 		 246 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0728  LamB/YcsF family protein  48.09 
 
 		 244 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.190889  normal  0.45791 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0630  LamB/YcsF family protein  47.23 
 
 		 244 aa  223  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00673  hypothetical protein  47.23 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0803  LamB/YcsF family protein  47.23 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.179932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0761  LamB/YcsF family protein  47.23 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0738  LamB/YcsF family protein  47.23 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2942  LamB/YcsF family protein  47.23 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00662  hypothetical protein  47.23 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2923  LamB/YcsF family protein  47.23 
 
 		 244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.140615  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1216  LamB/YcsF family protein  46.78 
 
 		 245 aa  217  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653039  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2372  LamB/YcsF family protein  48.5 
 
 		 247 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.839401 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1257  LamB/YcsF family protein  45.06 
 
 		 245 aa  215  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.187621  normal  0.809316 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2226  LamB/YcsF family protein  45.96 
 
 		 254 aa  214  9e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1972  LamB/YcsF family protein  48.07 
 
 		 256 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0228  LamB/YcsF family protein  46.19 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  46.19 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.493812 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1138  LamB/YcsF family protein  45.11 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0761  LamB/YcsF family protein  47.58 
 
 		 244 aa  212  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0447  LamB/YcsF family protein  45.76 
 
 		 262 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0822  LamB/YcsF family protein  47.14 
 
 		 244 aa  211  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0506032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0251  LamB/YcsF family protein  45.76 
 
 		 254 aa  211  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0774  LamB/YcsF family protein  47.14 
 
 		 244 aa  211  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.846244 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0264  LamB/YcsF family protein  45.76 
 
 		 254 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0974794  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0871  LamB/YcsF family protein  47.14 
 
 		 244 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0837  LamB/YcsF family protein  47.14 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610355 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1228  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 		 245 aa  210  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3743  LamB/YcsF family protein  44.92 
 
 		 250 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal  0.479135 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2169  LamB/YcsF family protein  45.92 
 
 		 247 aa  209  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.514078  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3309  LamB/YcsF family protein  45.34 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.716241  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1098  LamB/YcsF family protein  46.78 
 
 		 253 aa  209  3e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.248626  normal  0.159804 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0089  LamB/YcsF family protein  46.78 
 
 		 246 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0380957  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2978  LamB/YcsF family protein  45.34 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.8067  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2113  LamB/YcsF family protein  45.34 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3370  LamB/YcsF family protein  45.34 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  43.57 
 
 		 255 aa  209  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0193  LamB/YcsF family protein  44.92 
 
 		 250 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2920  LamB/YcsF family protein  45.96 
 
 		 245 aa  206  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1117  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000433292  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3591  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1169  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000136688  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0064  LamB/YcsF family protein  46.78 
 
 		 246 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  45.38 
 
 		 251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3034  LamB/YcsF family protein  46.61 
 
 		 254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.689834 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2827  LamB/YcsF family protein  45.76 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.262303  hitchhiker  0.00875882 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6386  LamB/YcsF family protein  45.49 
 
 		 254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.631285  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  42.32 
 
 		 256 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  43.57 
 
 		 258 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2950  LamB/YcsF family protein  45.76 
 
 		 254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.815554 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2425  LamB/YcsF family protein  46.61 
 
 		 274 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16977  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3084  LamB/YcsF family protein  45.76 
 
 		 254 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3039  LamB/YcsF family protein  46.61 
 
 		 274 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.596492  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3058  LamB/YcsF family protein  46.61 
 
 		 254 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0249954 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  44.58 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  42.31 
 
 		 254 aa  195  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  42.55 
 
 		 253 aa  195  6e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  42.13 
 
 		 253 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  42.13 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  43.75 
 
 		 256 aa  193  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3108  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 		 245 aa  192  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.316999  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  42.13 
 
 		 253 aa  191  7e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  44.54 
 
 		 257 aa  191  8e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  41.7 
 
 		 253 aa  191  8e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  40.85 
 
 		 253 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  41.28 
 
 		 253 aa  190  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  42.13 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  40.85 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  40.85 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  41.08 
 
 		 255 aa  188  8e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  40.08 
 
 		 254 aa  187  1e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  41.49 
 
 		 254 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0545  LamB/YcsF family protein  43.28 
 
 		 243 aa  186  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000543397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  41.18 
 
 		 250 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1803  LamB/YcsF  42.74 
 
 		 248 aa  185  5e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.372546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  42.44 
 
 		 255 aa  185  6e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0986  lactam utilization protein B related protein  42.04 
 
 		 254 aa  185  7e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.105947  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5021  LamB/YcsF family protein  42.74 
 
 		 260 aa  185  8e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  41.18 
 
 		 252 aa  184  8e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0975  LamB/YcsF family protein  41.95 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0323656  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  39.92 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  41.67 
 
 		 252 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3547  LamB/YcsF family protein  45.02 
 
 		 243 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  39.67 
 
 		 255 aa  182  3e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  41.6 
 
 		 274 aa  182  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  39.67 
 
 		 255 aa  182  3e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  39.42 
 
 		 254 aa  181  1e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  40 
 
 		 255 aa  181  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4561  LamB/YcsF family protein  42.32 
 
 		 260 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  0.157453 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  41.18 
 
 		 251 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  43.46 
 
 		 253 aa  179  4e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  42.08 
 
 		 250 aa  179  4.999999999999999e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  40.71 
 
 		 252 aa  179  4.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  42.08 
 
 		 250 aa  179  4.999999999999999e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58540  hypothetical protein  42.02 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.27032  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>