226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0006 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0006  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 242 aa  489  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154728 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0010  LamB/YcsF family protein  63.09 
 
 		 248 aa  288  6e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000255714 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0008  LamB/YcsF family protein  58.47 
 
 		 246 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000119793 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0089  LamB/YcsF family protein  53.19 
 
 		 246 aa  244  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0380957  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4365  LamB/YcsF family protein  51.91 
 
 		 246 aa  243  3e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0021  hypothetical protein  53.85 
 
 		 241 aa  240  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312119 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1228  LamB/YcsF family protein  50.21 
 
 		 245 aa  236  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1216  LamB/YcsF family protein  51.28 
 
 		 245 aa  235  4e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653039  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0728  LamB/YcsF family protein  51.06 
 
 		 244 aa  235  6e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.190889  normal  0.45791 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0447  LamB/YcsF family protein  50.21 
 
 		 262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0251  LamB/YcsF family protein  50.85 
 
 		 254 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0264  LamB/YcsF family protein  50.85 
 
 		 254 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0974794  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 		 250 aa  232  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.493812 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00673  hypothetical protein  49.36 
 
 		 244 aa  230  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0738  LamB/YcsF family protein  49.36 
 
 		 244 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3309  LamB/YcsF family protein  50.42 
 
 		 254 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.716241  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3743  LamB/YcsF family protein  49.36 
 
 		 250 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal  0.479135 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0871  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 		 244 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2942  LamB/YcsF family protein  49.36 
 
 		 244 aa  230  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0761  LamB/YcsF family protein  49.36 
 
 		 244 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2978  LamB/YcsF family protein  50.42 
 
 		 254 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.8067  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00662  hypothetical protein  49.36 
 
 		 244 aa  230  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2113  LamB/YcsF family protein  50.42 
 
 		 254 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3370  LamB/YcsF family protein  50.42 
 
 		 254 aa  230  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0822  LamB/YcsF family protein  49.15 
 
 		 244 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0506032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0630  LamB/YcsF family protein  48.94 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0803  LamB/YcsF family protein  49.36 
 
 		 244 aa  229  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.179932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0761  LamB/YcsF family protein  49.15 
 
 		 244 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0193  LamB/YcsF family protein  49.36 
 
 		 250 aa  229  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0228  LamB/YcsF family protein  50.42 
 
 		 254 aa  228  5e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0774  LamB/YcsF family protein  48.73 
 
 		 244 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.846244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0837  LamB/YcsF family protein  48.73 
 
 		 244 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610355 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0064  LamB/YcsF family protein  51.06 
 
 		 246 aa  226  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2923  LamB/YcsF family protein  48.94 
 
 		 244 aa  225  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.140615  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1257  LamB/YcsF family protein  48.26 
 
 		 245 aa  225  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.187621  normal  0.809316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1169  LamB/YcsF family protein  47.84 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000136688  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3084  LamB/YcsF family protein  51.69 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2950  LamB/YcsF family protein  51.69 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.815554 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3591  LamB/YcsF family protein  47.84 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1117  LamB/YcsF family protein  47.84 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000433292  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2372  LamB/YcsF family protein  50.21 
 
 		 247 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.839401 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1972  LamB/YcsF family protein  50.64 
 
 		 256 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3108  LamB/YcsF family protein  49.57 
 
 		 245 aa  222  4e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.316999  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4381  LamB/YcsF family protein  49.79 
 
 		 246 aa  221  9e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.284094  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2169  LamB/YcsF family protein  50.21 
 
 		 247 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.514078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1098  LamB/YcsF family protein  48.73 
 
 		 253 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.248626  normal  0.159804 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3034  LamB/YcsF family protein  50.85 
 
 		 254 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.689834 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1138  LamB/YcsF family protein  47.21 
 
 		 245 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0027  LamB/YcsF family protein  46.58 
 
 		 247 aa  221  9.999999999999999e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.529091  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6386  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 		 254 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.631285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2920  LamB/YcsF family protein  49.79 
 
 		 245 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2226  LamB/YcsF family protein  46.38 
 
 		 254 aa  218  1e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3058  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 		 254 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0249954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2425  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 		 274 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16977  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3039  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 		 274 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.596492  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0975  LamB/YcsF family protein  45.64 
 
 		 250 aa  211  1e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0323656  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  44.17 
 
 		 250 aa  206  2e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  45.64 
 
 		 254 aa  206  3e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2827  LamB/YcsF family protein  47.86 
 
 		 245 aa  203  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.262303  hitchhiker  0.00875882 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  45 
 
 		 255 aa  202  4e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  44.63 
 
 		 251 aa  201  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  43.39 
 
 		 253 aa  199  3e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  42.32 
 
 		 253 aa  198  6e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 		 253 aa  197  9e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  43.8 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  45.61 
 
 		 264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  43.7 
 
 		 257 aa  196  2.0000000000000003e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  45.61 
 
 		 255 aa  196  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  42.56 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  42.08 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  44.96 
 
 		 258 aa  196  3e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  42.56 
 
 		 250 aa  196  3e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  44.12 
 
 		 254 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  42.92 
 
 		 256 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  42.15 
 
 		 253 aa  194  7e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  42.92 
 
 		 251 aa  194  8.000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  45.61 
 
 		 274 aa  194  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  42.15 
 
 		 253 aa  194  9e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  42.15 
 
 		 253 aa  194  9e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  41.91 
 
 		 255 aa  193  2e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  43.22 
 
 		 253 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  42.13 
 
 		 254 aa  192  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  42.32 
 
 		 253 aa  190  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1803  LamB/YcsF  47.28 
 
 		 248 aa  190  1e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.372546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  43.22 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0545  LamB/YcsF family protein  43.04 
 
 		 243 aa  189  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000543397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2788  LamB/YcsF family protein  47.5 
 
 		 251 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0716  LamB/YcsF family protein  42.56 
 
 		 246 aa  189  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0495612  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  41.49 
 
 		 255 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  43.57 
 
 		 253 aa  187  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  44.54 
 
 		 257 aa  185  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7659  LamB/YcsF family protein  39.83 
 
 		 255 aa  185  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  48.32 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  40.42 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  40.42 
 
 		 255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2770  LamB/YcsF family protein  43.33 
 
 		 299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00407074  hitchhiker  0.0000126458 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  42.68 
 
 		 254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  41.32 
 
 		 254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  42.68 
 
 		 256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  39.83 
 
 		 255 aa  182  6e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>