225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0320 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 257 aa  508  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  67.06 
 
 		 256 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  67.61 
 
 		 254 aa  343  2e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  68.27 
 
 		 255 aa  337  8e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  66.4 
 
 		 251 aa  319  3e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  64.54 
 
 		 252 aa  317  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  64.9 
 
 		 254 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  60.57 
 
 		 252 aa  306  1.0000000000000001e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  65.46 
 
 		 304 aa  302  4.0000000000000003e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0870  LamB/YcsF family protein  65.45 
 
 		 255 aa  298  5e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  58.8 
 
 		 254 aa  295  5e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0608  LamB/YcsF family protein  58.96 
 
 		 253 aa  293  1e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329744  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4727  LamB/YcsF family protein  61.29 
 
 		 254 aa  287  1e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.812327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4813  LamB/YcsF family protein  61.29 
 
 		 254 aa  287  1e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5112  LamB/YcsF family protein  61.29 
 
 		 254 aa  287  1e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  57.55 
 
 		 252 aa  276  3e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  58.13 
 
 		 252 aa  274  1.0000000000000001e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0541  LamB/YcsF family protein  56.22 
 
 		 249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  55.73 
 
 		 254 aa  271  1e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19260  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  60.16 
 
 		 255 aa  269  2.9999999999999997e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3558  LamB/YcsF family protein  59.84 
 
 		 255 aa  268  5e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455471  normal  0.87063 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  54.07 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2198  LamB/YcsF family protein  57.03 
 
 		 250 aa  263  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.929247  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  52.59 
 
 		 258 aa  263  3e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1451  LamB/YcsF family protein  56.68 
 
 		 252 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0313  LamB/YcsF family protein  53.01 
 
 		 249 aa  259  2e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  51.59 
 
 		 254 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7092  hypothetical protein  56.73 
 
 		 251 aa  258  7e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0975  LamB/YcsF family protein  53.82 
 
 		 250 aa  256  2e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0323656  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2770  LamB/YcsF family protein  54.55 
 
 		 299 aa  255  6e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00407074  hitchhiker  0.0000126458 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2973  LamB/YcsF family protein  52.23 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0191185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09670  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  55.42 
 
 		 253 aa  252  4.0000000000000004e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673064  normal  0.33099 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0535  LamB/YcsF family protein  57.71 
 
 		 256 aa  252  4.0000000000000004e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.884685  normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0099  LamB/YcsF family protein  53.41 
 
 		 254 aa  250  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0180068 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  52.34 
 
 		 258 aa  249  4e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5927  LamB/YcsF family protein  53.88 
 
 		 252 aa  245  4e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2834  LamB/YcsF family protein  52.19 
 
 		 254 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0099  LamB/YcsF family protein  52 
 
 		 255 aa  242  3e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0096  LamB/YcsF family protein  52.23 
 
 		 249 aa  242  3.9999999999999997e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000523388 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  47.76 
 
 		 257 aa  242  5e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  48.59 
 
 		 255 aa  241  6e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2802  LamB/YcsF family protein  52.61 
 
 		 273 aa  241  7.999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4134  LamB/YcsF family protein  48.02 
 
 		 257 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.607272 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  47.01 
 
 		 256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 255 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2634  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.412357  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0519  LamB/YcsF family protein  49.8 
 
 		 256 aa  233  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  45.61 
 
 		 255 aa  233  3e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1504  LamB/YcsF family protein  51.39 
 
 		 262 aa  232  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  49.18 
 
 		 253 aa  232  5e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  46.85 
 
 		 256 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  49.21 
 
 		 260 aa  230  1e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  45.53 
 
 		 253 aa  230  1e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  45.53 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  49.19 
 
 		 274 aa  230  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  46.34 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  48.22 
 
 		 264 aa  230  2e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  46.46 
 
 		 256 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2272  LamB/YcsF family protein  48.99 
 
 		 255 aa  229  4e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0465  LamB/YcsF family protein  48.4 
 
 		 261 aa  228  5e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1503  LamB/YcsF family protein  47.39 
 
 		 255 aa  228  9e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  44.72 
 
 		 253 aa  227  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05397  hypothetical protein  50.81 
 
 		 260 aa  227  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.491165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1103  LamB/YcsF family protein  51.21 
 
 		 255 aa  227  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0380368  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1828  LamB/YcsF family protein  46.75 
 
 		 250 aa  226  2e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.365387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  46.34 
 
 		 250 aa  226  3e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  45.67 
 
 		 256 aa  226  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  44.53 
 
 		 254 aa  226  3e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  43.09 
 
 		 255 aa  226  4e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  43.09 
 
 		 255 aa  225  6e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  44.35 
 
 		 253 aa  225  6e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4365  LamB/YcsF family protein  47.15 
 
 		 246 aa  224  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  45.12 
 
 		 253 aa  224  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0902  LamB/YcsF family protein  47.24 
 
 		 255 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.773139  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5814  LamB/YcsF family protein  47.43 
 
 		 257 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.0676141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0807  hypothetical protein  49.39 
 
 		 247 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1405  LamB/YcsF family protein  48.95 
 
 		 250 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  42.86 
 
 		 250 aa  223  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  42.68 
 
 		 255 aa  223  2e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  42.86 
 
 		 250 aa  223  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5125  hypothetical protein  48.97 
 
 		 251 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.702011  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  45.67 
 
 		 256 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  44.9 
 
 		 254 aa  222  6e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3877  LamB/YcsF family protein  48.39 
 
 		 259 aa  221  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.441072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  43.9 
 
 		 253 aa  222  6e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  42.91 
 
 		 252 aa  221  7e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  46.94 
 
 		 250 aa  221  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.493812 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3378  LamB/YcsF family protein  49.59 
 
 		 249 aa  221  9e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.544199  normal  0.571628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12450  hypothetical protein  47.93 
 
 		 250 aa  219  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.858403  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1029  LamB/YcsF family protein  48.95 
 
 		 250 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  43.5 
 
 		 253 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  43.5 
 
 		 253 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58540  hypothetical protein  48.56 
 
 		 251 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.27032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3140  LamB/YcsF family protein  46.96 
 
 		 258 aa  218  7e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4098  LamB/YcsF family protein  48.96 
 
 		 259 aa  218  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.152851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0361  LamB/YcsF family protein  43.75 
 
 		 256 aa  218  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.135278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  42.46 
 
 		 255 aa  217  2e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1169  LamB/YcsF family protein  45.12 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000136688  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1117  LamB/YcsF family protein  45.12 
 
 		 245 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000433292  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1312  LamB/YcsF family protein  49.17 
 
 		 258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174066  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>