225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0870 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0870  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 255 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  76.8 
 
 		 252 aa  384  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  74.4 
 
 		 251 aa  364  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  72.58 
 
 		 256 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  68.67 
 
 		 254 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  64.14 
 
 		 254 aa  336  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  68.7 
 
 		 255 aa  330  2e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  66.13 
 
 		 304 aa  308  4e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  65.45 
 
 		 257 aa  303  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  58.23 
 
 		 252 aa  295  5e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  59.6 
 
 		 254 aa  295  6e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  56.97 
 
 		 254 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0608  LamB/YcsF family protein  57.2 
 
 		 253 aa  275  3e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329744  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  57.26 
 
 		 252 aa  274  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4727  LamB/YcsF family protein  58.8 
 
 		 254 aa  271  8.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.812327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4813  LamB/YcsF family protein  58.8 
 
 		 254 aa  271  8.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5112  LamB/YcsF family protein  58.8 
 
 		 254 aa  271  8.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0541  LamB/YcsF family protein  57.66 
 
 		 249 aa  270  2e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19260  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  58.63 
 
 		 255 aa  268  8e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  56.45 
 
 		 252 aa  267  1e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3558  LamB/YcsF family protein  58 
 
 		 255 aa  265  4e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455471  normal  0.87063 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1451  LamB/YcsF family protein  59.44 
 
 		 252 aa  262  4e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2198  LamB/YcsF family protein  56.85 
 
 		 250 aa  260  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.929247  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7092  hypothetical protein  54.4 
 
 		 251 aa  258  8e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09670  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  56.63 
 
 		 253 aa  255  4e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673064  normal  0.33099 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0535  LamB/YcsF family protein  57.43 
 
 		 256 aa  254  7e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.884685  normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0099  LamB/YcsF family protein  53.57 
 
 		 254 aa  254  8e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0180068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  54.03 
 
 		 254 aa  254  9e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  48.39 
 
 		 257 aa  254  1.0000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0313  LamB/YcsF family protein  53.23 
 
 		 249 aa  251  7e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  50.81 
 
 		 258 aa  247  1e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0975  LamB/YcsF family protein  53.88 
 
 		 250 aa  244  9.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0323656  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5927  LamB/YcsF family protein  53.2 
 
 		 252 aa  244  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  52.14 
 
 		 258 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2973  LamB/YcsF family protein  53.23 
 
 		 301 aa  241  9e-63  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0191185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  48.61 
 
 		 254 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  47.56 
 
 		 256 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  49.19 
 
 		 264 aa  239  4e-62  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0096  LamB/YcsF family protein  50 
 
 		 249 aa  237  1e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000523388 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0099  LamB/YcsF family protein  49.6 
 
 		 255 aa  237  1e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2272  LamB/YcsF family protein  51.61 
 
 		 255 aa  236  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  44.22 
 
 		 255 aa  235  7e-61  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  44.22 
 
 		 255 aa  234  7e-61  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  49.39 
 
 		 253 aa  233  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4134  LamB/YcsF family protein  48.22 
 
 		 257 aa  231  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.607272 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  43.43 
 
 		 255 aa  231  9e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2834  LamB/YcsF family protein  49.4 
 
 		 254 aa  230  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2802  LamB/YcsF family protein  48.19 
 
 		 273 aa  229  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2634  LamB/YcsF family protein  49 
 
 		 254 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.412357  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  46.85 
 
 		 255 aa  229  3e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  44.4 
 
 		 255 aa  229  3e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1828  LamB/YcsF family protein  44.8 
 
 		 250 aa  224  8e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.365387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  44.31 
 
 		 253 aa  224  8e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  44 
 
 		 250 aa  223  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  43.9 
 
 		 253 aa  223  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  43.9 
 
 		 253 aa  223  2e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  44.72 
 
 		 254 aa  223  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  46.99 
 
 		 256 aa  223  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5021  LamB/YcsF family protein  48.59 
 
 		 260 aa  222  4e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  46.8 
 
 		 256 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4561  LamB/YcsF family protein  48.59 
 
 		 260 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  0.157453 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  44.13 
 
 		 255 aa  218  6e-56  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  46 
 
 		 256 aa  218  6e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  43.5 
 
 		 253 aa  217  1e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  43.5 
 
 		 253 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  42.91 
 
 		 252 aa  217  2e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1103  LamB/YcsF family protein  48.81 
 
 		 255 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0380368  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  43.09 
 
 		 253 aa  215  4e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0361  LamB/YcsF family protein  45.19 
 
 		 256 aa  215  5.9999999999999996e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.135278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1503  LamB/YcsF family protein  45.06 
 
 		 255 aa  214  9e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  43.15 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2936  LamB/YcsF family protein  41.83 
 
 		 251 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.597487  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  42.68 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  43.09 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  42.68 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0519  LamB/YcsF family protein  49.39 
 
 		 256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2770  LamB/YcsF family protein  48.8 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00407074  hitchhiker  0.0000126458 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  47.79 
 
 		 255 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  45.6 
 
 		 256 aa  211  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3140  LamB/YcsF family protein  46.59 
 
 		 258 aa  211  9e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  45.53 
 
 		 274 aa  211  9e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2772  hypothetical protein  41.6 
 
 		 252 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5814  LamB/YcsF family protein  45.82 
 
 		 257 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.0676141 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2862  hypothetical protein  42 
 
 		 252 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.191254  normal  0.477951 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1029  LamB/YcsF family protein  47.03 
 
 		 250 aa  209  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5077  LamB/YcsF family protein  46.99 
 
 		 255 aa  209  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.709601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1829  LamB/YcsF family protein  44.35 
 
 		 242 aa  209  4e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0465  LamB/YcsF family protein  48.16 
 
 		 261 aa  209  5e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1958  LamB/YcsF family protein  49 
 
 		 252 aa  208  5e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.289074  hitchhiker  0.00226482 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  42.17 
 
 		 250 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.493812 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0193  LamB/YcsF family protein  43.37 
 
 		 250 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2118  hypothetical protein  41.2 
 
 		 252 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0624243  normal  0.300984 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3743  LamB/YcsF family protein  42.57 
 
 		 250 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal  0.479135 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1980  LamB/YcsF family protein  47.39 
 
 		 259 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171805  normal  0.0279771 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2920  hypothetical protein  41.2 
 
 		 252 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.9923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  41.83 
 
 		 251 aa  206  3e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1504  LamB/YcsF family protein  49.58 
 
 		 262 aa  205  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0005  hypothetical protein  40.49 
 
 		 270 aa  205  7e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76896  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2917  LamB/YcsF family protein  44.67 
 
 		 256 aa  204  8e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0064  LamB/YcsF family protein  43.37 
 
 		 246 aa  204  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>