225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2622 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 255 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  83.67 
 
 		 254 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4134  LamB/YcsF family protein  82.47 
 
 		 257 aa  428  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.607272 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  80.4 
 
 		 255 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1503  LamB/YcsF family protein  79.6 
 
 		 255 aa  409  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2834  LamB/YcsF family protein  83.2 
 
 		 254 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2634  LamB/YcsF family protein  82.4 
 
 		 254 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.412357  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5814  LamB/YcsF family protein  56.4 
 
 		 257 aa  288  6e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.0676141 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3140  LamB/YcsF family protein  57.2 
 
 		 258 aa  285  2.9999999999999996e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  53.2 
 
 		 256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  53.6 
 
 		 256 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5021  LamB/YcsF family protein  55.6 
 
 		 260 aa  266  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4561  LamB/YcsF family protein  56 
 
 		 260 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  0.157453 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  52.4 
 
 		 256 aa  265  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5077  LamB/YcsF family protein  55.16 
 
 		 255 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.709601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 256 aa  262  4e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1103  LamB/YcsF family protein  51.19 
 
 		 255 aa  261  6e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0380368  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  52.78 
 
 		 274 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0519  LamB/YcsF family protein  53.6 
 
 		 256 aa  257  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  50.99 
 
 		 252 aa  252  5.000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  52 
 
 		 251 aa  252  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1386  LamB/YcsF family protein  53.78 
 
 		 266 aa  248  7e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.624042 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  47.79 
 
 		 255 aa  248  9e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  54.15 
 
 		 304 aa  247  1e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  47.79 
 
 		 255 aa  248  1e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2026  LamB/YcsF family protein  52.78 
 
 		 256 aa  247  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0388826 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  49 
 
 		 257 aa  247  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3352  LamB/YcsF family protein  51.98 
 
 		 253 aa  246  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  48.43 
 
 		 256 aa  246  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1341  LamB/YcsF family protein  49.8 
 
 		 255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2272  LamB/YcsF family protein  50.61 
 
 		 255 aa  245  6e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  46.99 
 
 		 255 aa  244  9.999999999999999e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0902  LamB/YcsF family protein  47.83 
 
 		 255 aa  239  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.773139  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5650  LamB/YcsF family protein  48.19 
 
 		 255 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  53.78 
 
 		 254 aa  238  5.999999999999999e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0986  lactam utilization protein B related protein  46.99 
 
 		 254 aa  238  6.999999999999999e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.105947  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  53.57 
 
 		 260 aa  237  1e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  47.97 
 
 		 255 aa  237  1e-61  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 252 aa  236  3e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  47.81 
 
 		 252 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  46.8 
 
 		 253 aa  235  4e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  49 
 
 		 255 aa  236  4e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 257 aa  235  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1168  LamB/YcsF family protein  48.78 
 
 		 252 aa  235  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.810933  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  46.8 
 
 		 253 aa  234  8e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  47.39 
 
 		 258 aa  234  8e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0465  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1504  LamB/YcsF family protein  51.61 
 
 		 262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  47.62 
 
 		 254 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  47.2 
 
 		 254 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2055  LamB/YcsF family protein  50.99 
 
 		 257 aa  232  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  49.4 
 
 		 254 aa  232  4.0000000000000004e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  47.58 
 
 		 256 aa  232  5e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  46.4 
 
 		 253 aa  232  5e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  48.63 
 
 		 254 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  46.18 
 
 		 250 aa  230  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  46.8 
 
 		 253 aa  230  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  46.18 
 
 		 250 aa  230  2e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  46 
 
 		 253 aa  229  4e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  46 
 
 		 253 aa  229  4e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  45.6 
 
 		 253 aa  229  4e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  46.4 
 
 		 253 aa  229  4e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2131  LamB/YcsF family protein  52.38 
 
 		 260 aa  228  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2198  LamB/YcsF family protein  48.8 
 
 		 250 aa  229  5e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.929247  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  48.19 
 
 		 252 aa  228  5e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  46.99 
 
 		 250 aa  228  9e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1497  LamB/YcsF family protein  52 
 
 		 251 aa  226  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0258316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1958  LamB/YcsF family protein  49.8 
 
 		 252 aa  226  3e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.289074  hitchhiker  0.00226482 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  47.47 
 
 		 258 aa  225  5.0000000000000005e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  47.84 
 
 		 254 aa  225  6e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3558  LamB/YcsF family protein  49.8 
 
 		 255 aa  224  8e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455471  normal  0.87063 
 
 
-
 
NC_003296  RS05397  hypothetical protein  46.4 
 
 		 260 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.491165 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2917  LamB/YcsF family protein  45.2 
 
 		 256 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  46.8 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4727  LamB/YcsF family protein  46.83 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.812327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4813  LamB/YcsF family protein  46.83 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5112  LamB/YcsF family protein  46.83 
 
 		 254 aa  224  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2973  LamB/YcsF family protein  48.8 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0191185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  46.94 
 
 		 253 aa  223  3e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2770  LamB/YcsF family protein  48.44 
 
 		 299 aa  222  4e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00407074  hitchhiker  0.0000126458 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  47.83 
 
 		 252 aa  222  4.9999999999999996e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0535  LamB/YcsF family protein  48.63 
 
 		 256 aa  222  6e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.884685  normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  43.6 
 
 		 253 aa  221  9e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0541  LamB/YcsF family protein  50 
 
 		 249 aa  221  9e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  48.18 
 
 		 255 aa  221  9.999999999999999e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0608  LamB/YcsF family protein  47.39 
 
 		 253 aa  220  1.9999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329744  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  45.93 
 
 		 251 aa  219  3e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19260  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  50 
 
 		 255 aa  219  3.9999999999999997e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  49 
 
 		 256 aa  219  5e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6367  hypothetical protein  47.97 
 
 		 254 aa  218  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0512992  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5927  LamB/YcsF family protein  47.2 
 
 		 252 aa  218  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2802  LamB/YcsF family protein  44.8 
 
 		 273 aa  216  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09670  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  47.39 
 
 		 253 aa  216  4e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673064  normal  0.33099 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0313  LamB/YcsF family protein  46.8 
 
 		 249 aa  215  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4098  LamB/YcsF family protein  46.69 
 
 		 259 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.152851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0099  LamB/YcsF family protein  45.67 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0180068 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1980  LamB/YcsF family protein  47.22 
 
 		 259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171805  normal  0.0279771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1312  LamB/YcsF family protein  46.06 
 
 		 258 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174066  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1828  LamB/YcsF family protein  46.18 
 
 		 250 aa  210  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.365387  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4577  LamB/YcsF family protein  45.83 
 
 		 258 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.701806  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>