225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3426 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 256 aa  524  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  88.24 
 
 		 256 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  88.24 
 
 		 256 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  86.67 
 
 		 256 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4134  LamB/YcsF family protein  52.57 
 
 		 257 aa  278  9e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.607272 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5814  LamB/YcsF family protein  54.58 
 
 		 257 aa  276  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.0676141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  50.8 
 
 		 254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  50.4 
 
 		 255 aa  267  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2834  LamB/YcsF family protein  50.79 
 
 		 254 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2634  LamB/YcsF family protein  51 
 
 		 254 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.412357  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1103  LamB/YcsF family protein  51.6 
 
 		 255 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0380368  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0519  LamB/YcsF family protein  53.73 
 
 		 256 aa  256  3e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1503  LamB/YcsF family protein  49.6 
 
 		 255 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 255 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1341  LamB/YcsF family protein  51.41 
 
 		 255 aa  249  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  49.01 
 
 		 258 aa  246  3e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5650  LamB/YcsF family protein  49.4 
 
 		 255 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5021  LamB/YcsF family protein  50 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  49.4 
 
 		 252 aa  242  3.9999999999999997e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4561  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 260 aa  242  5e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  0.157453 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  45.82 
 
 		 257 aa  241  1e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  51.19 
 
 		 274 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  48.78 
 
 		 251 aa  236  3e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2272  LamB/YcsF family protein  48.79 
 
 		 255 aa  236  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3140  LamB/YcsF family protein  49.4 
 
 		 258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  47.35 
 
 		 253 aa  232  5e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5077  LamB/YcsF family protein  47.45 
 
 		 255 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.709601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2802  LamB/YcsF family protein  46.25 
 
 		 273 aa  229  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2026  LamB/YcsF family protein  48.03 
 
 		 256 aa  228  6e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0388826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3352  LamB/YcsF family protein  50.8 
 
 		 253 aa  228  8e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  48.8 
 
 		 251 aa  226  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  42.57 
 
 		 255 aa  226  3e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  45.53 
 
 		 254 aa  226  3e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  42.57 
 
 		 255 aa  225  6e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0902  LamB/YcsF family protein  44.66 
 
 		 255 aa  225  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.773139  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  50 
 
 		 304 aa  224  9e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05397  hypothetical protein  46.43 
 
 		 260 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.491165 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1386  LamB/YcsF family protein  49 
 
 		 266 aa  223  3e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.624042 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  41.77 
 
 		 255 aa  222  4e-57  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2917  LamB/YcsF family protein  44.22 
 
 		 256 aa  221  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  45.63 
 
 		 256 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  44.31 
 
 		 256 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  42.57 
 
 		 250 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  44.8 
 
 		 255 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  43.55 
 
 		 253 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  43.95 
 
 		 253 aa  218  6e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  46.59 
 
 		 252 aa  218  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  47.24 
 
 		 254 aa  218  7e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  43.95 
 
 		 254 aa  217  2e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  43.95 
 
 		 253 aa  216  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6367  hypothetical protein  46.83 
 
 		 254 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0512992  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  48.4 
 
 		 252 aa  217  2e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1504  LamB/YcsF family protein  46.83 
 
 		 262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1168  LamB/YcsF family protein  41.11 
 
 		 252 aa  215  4e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.810933  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  43.55 
 
 		 253 aa  215  5e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0465  LamB/YcsF family protein  44.44 
 
 		 261 aa  215  5e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  43.15 
 
 		 253 aa  214  8e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  42.97 
 
 		 253 aa  214  9e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  43.95 
 
 		 253 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  42.57 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  42.57 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  42.74 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  42.74 
 
 		 253 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  42.17 
 
 		 254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  43.8 
 
 		 255 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  45.67 
 
 		 257 aa  213  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  44.22 
 
 		 254 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  44.44 
 
 		 254 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1497  LamB/YcsF family protein  49.2 
 
 		 251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0258316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  45.24 
 
 		 254 aa  211  5.999999999999999e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09670  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  47.83 
 
 		 253 aa  212  5.999999999999999e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673064  normal  0.33099 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2055  LamB/YcsF family protein  46.25 
 
 		 257 aa  211  7e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0870  LamB/YcsF family protein  46.99 
 
 		 255 aa  211  9e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  46.37 
 
 		 256 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0986  lactam utilization protein B related protein  42.68 
 
 		 254 aa  210  1e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.105947  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  43.72 
 
 		 252 aa  210  2e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7092  hypothetical protein  44.18 
 
 		 251 aa  209  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4727  LamB/YcsF family protein  44.27 
 
 		 254 aa  209  5e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.812327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4813  LamB/YcsF family protein  44.27 
 
 		 254 aa  209  5e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5112  LamB/YcsF family protein  44.27 
 
 		 254 aa  209  5e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  45.02 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2131  LamB/YcsF family protein  51.2 
 
 		 260 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.308493 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1828  LamB/YcsF family protein  42.57 
 
 		 250 aa  207  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.365387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  42.68 
 
 		 255 aa  203  2e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  43.43 
 
 		 264 aa  203  3e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0541  LamB/YcsF family protein  45.6 
 
 		 249 aa  202  3e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1980  LamB/YcsF family protein  42.91 
 
 		 259 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171805  normal  0.0279771 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0728  LamB/YcsF family protein  44.94 
 
 		 244 aa  201  7e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.190889  normal  0.45791 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  46.22 
 
 		 260 aa  201  9e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1723  hypothetical protein  42.8 
 
 		 266 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1257  LamB/YcsF family protein  44.76 
 
 		 245 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.187621  normal  0.809316 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0366  hypothetical protein  42.8 
 
 		 266 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0274  hypothetical protein  42.8 
 
 		 266 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5865  hypothetical protein  41.9 
 
 		 258 aa  199  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  43.02 
 
 		 258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3591  LamB/YcsF family protein  44.31 
 
 		 245 aa  198  6e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1169  LamB/YcsF family protein  44.31 
 
 		 245 aa  198  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000136688  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1117  LamB/YcsF family protein  44.31 
 
 		 245 aa  198  6e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000433292  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1880  hypothetical protein  42.4 
 
 		 266 aa  198  7e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2156  hypothetical protein  42.4 
 
 		 266 aa  198  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>