More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5948 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5948  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  519  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.102171 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  70.18 
 
 		 298 aa  332  4e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4855  transcriptional regulator, LysR family  71.05 
 
 		 298 aa  330  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0794754  normal  0.116025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  47.01 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.41 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4450  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  45.82 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  48.02 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  47.41 
 
 		 297 aa  222  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  48.28 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  47.79 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 		 297 aa  218  5e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 		 297 aa  216  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  48.46 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 302 aa  215  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3099  LysR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0573562 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 297 aa  215  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 306 aa  214  9e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  47.58 
 
 		 295 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 297 aa  212  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  43.03 
 
 		 297 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2045  transcriptional regulator, LysR family  51.1 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  48.02 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  46.43 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2317  transcriptional regulator, LysR family  47.81 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.216454  normal  0.852232 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  45.37 
 
 		 297 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5052  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  45.09 
 
 		 300 aa  205  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4527  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 312 aa  205  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5839  LysR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 305 aa  204  8e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482004 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6827  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 297 aa  204  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0654  transcriptional regulator, LysR family  44.1 
 
 		 297 aa  202  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479853  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  42.4 
 
 		 297 aa  202  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  45.09 
 
 		 295 aa  202  6e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6375  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.429031 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2930  transcriptional regulator, LysR family  45.18 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1360  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 297 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.264999  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5627  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 297 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0387967 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  44.49 
 
 		 301 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6469  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 297 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0548858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  44.89 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 301 aa  198  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  43.36 
 
 		 296 aa  197  9e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  42.73 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2455  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 295 aa  195  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.271486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3000  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.29 
 
 		 297 aa  195  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3077  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 297 aa  195  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1903  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  42.29 
 
 		 297 aa  195  6e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435241 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3068  transcriptional regulator  46.22 
 
 		 306 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8328  transcriptional regulator, LysR family  43.82 
 
 		 310 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  45.81 
 
 		 304 aa  192  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0522  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 297 aa  192  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0037092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0049  LysR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 295 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4800  LysR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.377445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6790  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.447849 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4793  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 328 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0040  transcriptional regulator, LysR family  44.2 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  38.4 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  41.59 
 
 		 305 aa  178  5.999999999999999e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 301 aa  175  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 324 aa  174  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 300 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2119  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0148604  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1976  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748438 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1793  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1541  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  168  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1568  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 299 aa  168  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01306  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.387264  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2317  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.342284  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4886  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1444  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2296  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01316  hypothetical protein  38.16 
 
 		 299 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.370669  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5478  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5384  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 297 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 310 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 310 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 310 aa  165  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  37.75 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1212  LysR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  41.59 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35490  LysR family transcriptional regulator protein  36.56 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>