More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3615 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3615  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  100 
 
 
211 aa  439  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3387  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  46.04 
 
 
165 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.533197  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2235  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  45.32 
 
 
165 aa  127  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.272952  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1157  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.68 
 
 
177 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3610  NADH dehydrogenase subunit I  43.84 
 
 
182 aa  122  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487333  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3204  NADH dehydrogenase subunit I  43.15 
 
 
182 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0843328  normal  0.169624 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3372  NADH dehydrogenase I, I subunit  43.15 
 
 
182 aa  121  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.675448  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18502  predicted protein  38.51 
 
 
167 aa  121  6e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0613487 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4126  NADH dehydrogenase subunit I  43.84 
 
 
182 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2562  NADH dehydrogenase subunit I  48.06 
 
 
182 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1866  NADH dehydrogenase subunit I  43.84 
 
 
182 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1739  NADH dehydrogenase subunit I  43.84 
 
 
182 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235938  normal  0.220023 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29920  NADH dehydrogenase subunit I  48.06 
 
 
182 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.546828  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3698  NADH dehydrogenase subunit I  43.84 
 
 
182 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.380267  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28510  NADH dehydrogenase subunit I  42.76 
 
 
182 aa  119  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559317  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1020  NADH dehydrogenase subunit I  47.11 
 
 
171 aa  119  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.755319  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1563  NADH dehydrogenase subunit I  41.54 
 
 
162 aa  119  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.339949  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0980  NADH dehydrogenase subunit I  38 
 
 
169 aa  119  4.9999999999999996e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3336  NADH dehydrogenase subunit I  40.29 
 
 
162 aa  118  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.463064  normal  0.437664 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4080  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  40.49 
 
 
197 aa  118  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0562629 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0917  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.91 
 
 
179 aa  117  9e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.5865  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3347  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  43.41 
 
 
131 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.715886  normal  0.525186 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0346  NADH dehydrogenase I, I subunit  43.41 
 
 
132 aa  116  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2419  NADH dehydrogenase subunit I  45.74 
 
 
182 aa  116  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.193406 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1374  NADH dehydrogenase I chain I  33.97 
 
 
175 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00228535  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1275  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.03 
 
 
199 aa  115  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3216  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  44.27 
 
 
168 aa  115  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3918  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.64 
 
 
132 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4002  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.64 
 
 
132 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.89067e-17 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1660  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  40.88 
 
 
234 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3130  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.67 
 
 
135 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2622  NADH dehydrogenase subunit I  36.25 
 
 
163 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3125  NADH dehydrogenase subunit I  45.74 
 
 
179 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0929  NADH dehydrogenase subunit I  39.1 
 
 
163 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0323  NADH dehydrogenase subunit I  46.46 
 
 
176 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2249  NADH dehydrogenase subunit I  36.25 
 
 
163 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.650546  hitchhiker  0.0000391532 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05770  conserved hypothetical protein  34.97 
 
 
273 aa  112  3e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5106  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.86 
 
 
188 aa  112  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0825  NADH dehydrogenase subunit I  37.98 
 
 
163 aa  112  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1940  NADH dehydrogenase subunit I  43.7 
 
 
178 aa  112  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.509162 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3248  NADH dehydrogenase subunit I  37.96 
 
 
165 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1043  NADH dehydrogenase subunit I  36.17 
 
 
163 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1120  NADH dehydrogenase subunit I  43.9 
 
 
180 aa  112  5e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.311189  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0829  NADH dehydrogenase subunit I  36.69 
 
 
163 aa  112  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.260339  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2523  NADH dehydrogenase subunit I  37.41 
 
 
167 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.208294  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1185  NADH dehydrogenase subunit I  37.41 
 
 
167 aa  111  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0684834  normal  0.389473 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4236  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  42.64 
 
 
132 aa  111  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000114859  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0211  NADH dehydrogenase subunit I  43.8 
 
 
176 aa  111  8.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1187  NADH dehydrogenase subunit I  37.41 
 
 
164 aa  111  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.438944  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1352  NADH dehydrogenase subunit I  44 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1809  NADH dehydrogenase subunit I  43.38 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.693845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1567  NADH dehydrogenase subunit I  43.38 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.997394  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1750  NADH dehydrogenase subunit I  38.57 
 
 
161 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1432  NADH dehydrogenase subunit I  37.23 
 
 
165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277545  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1461  NADH dehydrogenase subunit I  43.38 
 
 
180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3865  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  39.57 
 
 
222 aa  110  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0691  NADH dehydrogenase subunit I  38.71 
 
 
169 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.438917  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3301  NADH dehydrogenase subunit I  46.34 
 
 
180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.9572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0880  NADH dehydrogenase subunit I  41.09 
 
 
170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1997  NADH dehydrogenase subunit I  36.73 
 
 
167 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0446418  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0361  NADH dehydrogenase subunit I  38.71 
 
 
167 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.326031  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2825  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339444  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3818  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  45.45 
 
 
171 aa  108  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.121238  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1845  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  40.12 
 
 
175 aa  108  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0754  NADH dehydrogenase subunit I  36.69 
 
 
164 aa  108  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.180315  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2549  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3434  NADH dehydrogenase subunit I  43.08 
 
 
176 aa  108  6e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460482  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2667  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2505  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2560  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0213368  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2460  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02206  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1376  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00237006  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3502  NADH dehydrogenase subunit I  36.5 
 
 
181 aa  108  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02166  hypothetical protein  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2435  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3420  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2657  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2430  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1371  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  0.392913 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2574  NADH dehydrogenase subunit I  45.53 
 
 
180 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88630  mitochondrial complex I NUIM TYKY subunit (proton translocation)  32.93 
 
 
226 aa  108  7.000000000000001e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.970128  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0172  NADH dehydrogenase subunit I  37.13 
 
 
176 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0154  NADH dehydrogenase subunit I  39.84 
 
 
176 aa  107  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.947551 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0957  NADH dehydrogenase subunit I  38.35 
 
 
162 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0765322  normal  0.470027 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1150  NADH dehydrogenase subunit I  34.97 
 
 
162 aa  107  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0163  NADH dehydrogenase subunit I  43.08 
 
 
184 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2054  NADH dehydrogenase subunit I  37.23 
 
 
163 aa  106  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.151951 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1883  NADH dehydrogenase subunit I  37.23 
 
 
163 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.604396 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_14260  predicted protein  37.09 
 
 
163 aa  106  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5172  NADH dehydrogenase subunit I  39.53 
 
 
169 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.950727  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4625  NADH dehydrogenase subunit I  38.36 
 
 
162 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.11536 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1501  NADH dehydrogenase subunit I  37.96 
 
 
177 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0649483  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2867  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  41.09 
 
 
171 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.708253  normal  0.0292468 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2206  NADH dehydrogenase subunit I  37.23 
 
 
163 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1869  NADH-quinone oxidoreductase chain I  38.41 
 
 
177 aa  107  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3218  NADH dehydrogenase subunit I  38.36 
 
 
163 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1271  NADH dehydrogenase subunit I  38.64 
 
 
171 aa  106  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.400573  normal  0.480107 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0935  NADH dehydrogenase subunit I  37.96 
 
 
163 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.13658  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0711  NADH-quinone oxidoreductase, chain I  44.53 
 
 
170 aa  106  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0425782  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>