140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4886 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4886  putative GerE family regulatory protein  100 
 
 
116 aa  239  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00651447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1294  LuxR response regulator receiver  56.67 
 
 
220 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1484  DNA-binding response regulator, LuxR family  55 
 
 
208 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0143  transcription regulator  55.77 
 
 
265 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0190  transcription regulator  55.77 
 
 
234 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  46.03 
 
 
218 aa  53.1  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3267  transcriptional regulator RcsB  45.45 
 
 
216 aa  53.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00059602  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 
216 aa  52  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259515  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2614  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.588596 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2455  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.0831575 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2517  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000600529  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2496  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424983  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1433  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0102563  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2366  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000282288  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3357  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000561339  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2510  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.731723  normal  0.0675268 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3017  transcriptional regulator RcsB  46.03 
 
 
216 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
228 aa  52  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
231 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426907  normal  0.200888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
228 aa  52  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
216 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3752  two component LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
215 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5845  LuxR response regulator receiver  38.24 
 
 
214 aa  50.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.98 
 
 
208 aa  50.4  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0319702  normal  0.0827208 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2764  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
217 aa  50.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.408225  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1307  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
217 aa  50.4  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0162714  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2843  transcriptional regulator RcsB  49.09 
 
 
217 aa  50.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2880  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
224 aa  50.1  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345086  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04243  DNA-binding transcriptional activator  38.57 
 
 
207 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0432345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3631  transcriptional regulator, LuxR family  38.57 
 
 
225 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00452114  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5879  DNA-binding transcriptional activator BglJ  38.57 
 
 
225 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0356322  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0735  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
213 aa  49.7  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4599  DNA-binding transcriptional activator BglJ  38.57 
 
 
225 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4960  DNA-binding transcriptional activator BglJ  38.57 
 
 
225 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013279  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04209  hypothetical protein  38.57 
 
 
207 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0565957  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3689  DNA-binding transcriptional activator BglJ  38.57 
 
 
207 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.256974  decreased coverage  0.00000689885 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4912  DNA-binding transcriptional activator BglJ  38.57 
 
 
225 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000035455  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0289  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 
212 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3287  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 
223 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.404787 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6653  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 
238 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879715  hitchhiker  0.00000102566 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4444  capsular synthesis regulator component B, putative  47.06 
 
 
212 aa  49.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1630  DNA-binding response regulator  48.08 
 
 
220 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0322132  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3041  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
215 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000032992  normal  0.146168 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3939  two component transcriptional regulator  46.97 
 
 
300 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.555587 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11120  putative response regulator  44.23 
 
 
214 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0161  LuxR family DNA-binding response regulator  48.08 
 
 
220 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4868  transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 
140 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.221718  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4224  two component LuxR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
231 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322534  normal  0.434129 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4699  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 
246 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.372391  hitchhiker  0.00465492 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6665  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 
225 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0397086  normal  0.0268041 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0142  DNA-binding response regulator  40.98 
 
 
220 aa  48.1  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3677  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.25 
 
 
229 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0102182  hitchhiker  0.0000000000674126 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3417  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 
232 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.901274  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3071  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 
232 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0187  LuxR response regulator receiver  40.32 
 
 
220 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0198  DNA-binding response regulator  44.23 
 
 
230 aa  47.8  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4903  LuxR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
241 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.650668  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4702  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
213 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.121015 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4955  LuxR family transcriptional regulator  49.02 
 
 
241 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04242  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.06 
 
 
241 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00962372  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3632  transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 
241 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000755622  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0280  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
229 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188137 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04208  hypothetical protein  47.06 
 
 
241 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0122864  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5878  transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 
241 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0180524  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4598  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
241 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000019366  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4959  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
241 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000140548  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3690  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
241 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0223527  decreased coverage  0.00000764296 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4911  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
241 aa  47.4  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000448955  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3667  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 
215 aa  47.4  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4641  two component LuxR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
213 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.169112  normal  0.068024 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0630  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.92 
 
 
234 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.210211 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4225  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
241 aa  47  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107538  normal  0.322545 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6659  two component LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 
207 aa  47  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000389797  hitchhiker  0.000384101 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4956  DNA-binding transcriptional activator BglJ  40.68 
 
 
224 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1634  DNA-binding response regulator  42.31 
 
 
230 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4904  DNA-binding transcriptional activator BglJ  40.68 
 
 
224 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.53459  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0170  capsular synthesis regulator component B  42.31 
 
 
230 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.443347  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1021  putative response regulator  42.31 
 
 
214 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4801  DNA-binding transcriptional activator BglJ  40.68 
 
 
224 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.564373  normal  0.609809 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4869  DNA-binding transcriptional activator BglJ  40.68 
 
 
224 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0232651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4962  DNA-binding transcriptional activator BglJ  40.68 
 
 
224 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.793457  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2872  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
235 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891055  hitchhiker  0.000000000201971 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59770  putative two component response regulator  48.08 
 
 
231 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000114482  hitchhiker  1.6476100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0258  LuxR response regulator receiver  42.31 
 
 
230 aa  45.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.752946  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2960  LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
196 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.917749  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1861  LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
196 aa  45.4  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.419693  normal  0.0598663 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3033  LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
196 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.011043  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4907  transcriptional regulator, LuxR family  45.1 
 
 
244 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000001744  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0880  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 
232 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.398373 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3018  LuxR family DNA-binding response regulator  43.86 
 
 
221 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.214987  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5217  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
224 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1621  capsular synthesis response regulator transcription regulator protein  44.64 
 
 
219 aa  44.7  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.848219 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4070  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
229 aa  44.7  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3986  two component LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 
217 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.039666 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 
215 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851836  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4235  two component LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 
215 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0523  response regulator receiver protein  47.06 
 
 
240 aa  44.3  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.335975  decreased coverage  0.00189861 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>