173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4911 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04242  predicted DNA-binding transcriptional regulator  100 
 
 
241 aa  498  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00962372  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3632  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
241 aa  498  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000755622  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5878  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
241 aa  498  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0180524  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4598  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
241 aa  498  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000019366  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04208  hypothetical protein  100 
 
 
241 aa  498  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0122864  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3690  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
241 aa  498  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0223527  decreased coverage  0.00000764296 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4911  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
241 aa  498  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000448955  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4959  LuxR family transcriptional regulator  99.59 
 
 
241 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000140548  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4907  transcriptional regulator, LuxR family  99.16 
 
 
244 aa  491  9.999999999999999e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000001744  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4955  LuxR family transcriptional regulator  65.71 
 
 
241 aa  330  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4903  LuxR family transcriptional regulator  65.31 
 
 
241 aa  324  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.650668  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0523  response regulator receiver protein  58.74 
 
 
240 aa  274  1.0000000000000001e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.335975  decreased coverage  0.00189861 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4868  transcriptional regulator, LuxR family  71.74 
 
 
140 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.221718  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2835  two component LuxR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803464  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3041  two component LuxR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
215 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000032992  normal  0.146168 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4070  two component LuxR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
229 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0289  two component transcriptional regulator, LuxR family  27 
 
 
212 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4444  capsular synthesis regulator component B, putative  25.76 
 
 
212 aa  57.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0630  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.41 
 
 
234 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.210211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1421  putative two-component response regulator  28.11 
 
 
213 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16350  putative two-component response regulator  50.91 
 
 
213 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3081  two component LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
217 aa  55.1  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450994  normal  0.856151 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2872  two component LuxR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
235 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891055  hitchhiker  0.000000000201971 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2880  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
224 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345086  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5152  two component LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
219 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.535465  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0280  two component LuxR family transcriptional regulator  42.67 
 
 
229 aa  52.8  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188137 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3287  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
223 aa  53.1  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.404787 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5217  two component LuxR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
224 aa  52.8  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3667  two component LuxR family transcriptional regulator  38.27 
 
 
215 aa  52.4  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1294  LuxR response regulator receiver  34.78 
 
 
220 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0283  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.54 
 
 
208 aa  51.2  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.393471  normal  0.0532877 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3677  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 
229 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0102182  hitchhiker  0.0000000000674126 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  30.5 
 
 
215 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0143  transcription regulator  47.17 
 
 
265 aa  50.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3986  two component LuxR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
217 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.039666 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6653  two component LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
238 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879715  hitchhiker  0.00000102566 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  30.5 
 
 
215 aa  50.4  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  30.5 
 
 
215 aa  50.4  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  30.5 
 
 
215 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1630  DNA-binding response regulator  37.31 
 
 
220 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0322132  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  30.5 
 
 
215 aa  50.4  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 
218 aa  50.4  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0190  transcription regulator  47.17 
 
 
234 aa  50.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0161  LuxR family DNA-binding response regulator  37.31 
 
 
220 aa  50.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  30.5 
 
 
215 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2153  two component LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 
213 aa  49.7  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.848776  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0187  LuxR response regulator receiver  41.07 
 
 
220 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4679  LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
203 aa  49.7  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0355  two component LuxR family transcriptional regulator  24.52 
 
 
236 aa  49.7  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4641  two component LuxR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
213 aa  49.3  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.169112  normal  0.068024 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  30.5 
 
 
215 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  30.5 
 
 
215 aa  49.3  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0142  DNA-binding response regulator  31.78 
 
 
220 aa  48.9  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1484  DNA-binding response regulator, LuxR family  39.29 
 
 
208 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4069  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
225 aa  48.5  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
215 aa  48.5  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  37.7 
 
 
216 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
215 aa  48.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.721789  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
215 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851836  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4235  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
215 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4702  two component LuxR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
213 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.121015 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4699  two component LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
246 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.372391  hitchhiker  0.00465492 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3752  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
215 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2960  LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
196 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.917749  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1861  LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
196 aa  48.1  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.419693  normal  0.0598663 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3033  LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
196 aa  48.1  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.011043  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  37.7 
 
 
216 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5451  two component LuxR family transcriptional regulator  24.53 
 
 
223 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761649  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4886  putative GerE family regulatory protein  47.06 
 
 
116 aa  47.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00651447 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  29.79 
 
 
215 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4224  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
231 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322534  normal  0.434129 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.68 
 
 
208 aa  46.6  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0319702  normal  0.0827208 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6659  two component LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 
207 aa  46.6  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000389797  hitchhiker  0.000384101 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0155  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.98 
 
 
212 aa  47  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  22.27 
 
 
223 aa  47  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.32 
 
 
216 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3018  LuxR family DNA-binding response regulator  36.84 
 
 
221 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.214987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0213  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 
250 aa  47  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00305368 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.32 
 
 
216 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1122  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.97 
 
 
234 aa  46.2  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.752968  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0631  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 
214 aa  46.2  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.151672 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6665  two component LuxR family transcriptional regulator  24.22 
 
 
225 aa  45.8  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0397086  normal  0.0268041 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59770  putative two component response regulator  42.59 
 
 
231 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000114482  hitchhiker  1.6476100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  38.6 
 
 
218 aa  45.8  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1895  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 
213 aa  45.4  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2614  transcriptional regulator RcsB  37.93 
 
 
216 aa  45.4  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.588596 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  37.93 
 
 
216 aa  45.4  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  38.6 
 
 
228 aa  45.1  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2510  transcriptional regulator RcsB  37.93 
 
 
216 aa  45.4  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.731723  normal  0.0675268 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  38.6 
 
 
228 aa  45.1  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2455  transcriptional regulator RcsB  37.93 
 
 
216 aa  45.4  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.0831575 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2496  transcriptional regulator RcsB  37.93 
 
 
216 aa  45.4  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424983  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04243  DNA-binding transcriptional activator  39.62 
 
 
207 aa  45.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0432345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3631  transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 
225 aa  44.7  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00452114  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1034  DNA-binding response regulator  27.27 
 
 
221 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.315998  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2022  DNA-binding response regulator  27.27 
 
 
221 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2078  LuxR family DNA-binding response regulator  27.27 
 
 
221 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3357  transcriptional regulator RcsB  38.6 
 
 
216 aa  45.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000561339  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  37.93 
 
 
216 aa  45.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2366  transcriptional regulator RcsB  38.6 
 
 
216 aa  45.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000282288  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>