132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4907 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4907  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 244 aa  504  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000001744  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04242  predicted DNA-binding transcriptional regulator  99.16 
 
 		 241 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00962372  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04208  hypothetical protein  99.16 
 
 		 241 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0122864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3632  transcriptional regulator, LuxR family  99.16 
 
 		 241 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000755622  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4598  LuxR family transcriptional regulator  99.16 
 
 		 241 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000019366  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4959  LuxR family transcriptional regulator  99.58 
 
 		 241 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000140548  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3690  LuxR family transcriptional regulator  99.16 
 
 		 241 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0223527  decreased coverage  0.00000764296 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4911  LuxR family transcriptional regulator  99.16 
 
 		 241 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000448955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5878  transcriptional regulator, LuxR family  99.16 
 
 		 241 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0180524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4955  LuxR family transcriptional regulator  65.02 
 
 		 241 aa  325  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4903  LuxR family transcriptional regulator  64.61 
 
 		 241 aa  319  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.650668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0523  response regulator receiver protein  58.3 
 
 		 240 aa  272  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.335975  decreased coverage  0.00189861 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4868  transcriptional regulator, LuxR family  69.44 
 
 		 140 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.221718  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2835  two component LuxR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803464  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3041  two component LuxR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000032992  normal  0.146168 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0289  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.13 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4444  capsular synthesis regulator component B, putative  25.76 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4070  two component LuxR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1421  putative two-component response regulator  27.57 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16350  putative two-component response regulator  49.09 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0630  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.47 
 
 		 234 aa  53.9  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.210211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3081  two component LuxR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 217 aa  53.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450994  normal  0.856151 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2872  two component LuxR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 235 aa  53.5  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891055  hitchhiker  0.000000000201971 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2880  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 224 aa  52.4  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5152  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  52.4  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.535465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3667  two component LuxR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 215 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0280  two component LuxR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 229 aa  51.6  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188137 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5217  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3287  two component LuxR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 223 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.404787 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3677  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 229 aa  50.4  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0102182  hitchhiker  0.0000000000674126 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1294  LuxR response regulator receiver  33.7 
 
 		 220 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1630  DNA-binding response regulator  30.51 
 
 		 220 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0322132  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0161  LuxR family DNA-binding response regulator  30.51 
 
 		 220 aa  49.7  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0142  DNA-binding response regulator  31.78 
 
 		 220 aa  49.3  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0143  transcription regulator  45.28 
 
 		 265 aa  49.3  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6653  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 238 aa  48.9  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879715  hitchhiker  0.00000102566 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0187  LuxR response regulator receiver  27.45 
 
 		 220 aa  48.9  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0190  transcription regulator  45.28 
 
 		 234 aa  48.9  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  29.79 
 
 		 215 aa  48.5  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3986  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 217 aa  48.5  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.039666 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  29.79 
 
 		 215 aa  48.5  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  29.79 
 
 		 215 aa  48.5  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  29.79 
 
 		 215 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  29.79 
 
 		 215 aa  48.5  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2153  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.848776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4679  LuxR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 203 aa  48.1  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  29.79 
 
 		 215 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0283  two component transcriptional regulator, LuxR family  24.07 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.393471  normal  0.0532877 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  34.23 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0355  two component LuxR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 236 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1484  DNA-binding response regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 208 aa  47  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4069  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 225 aa  47  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4235  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1122  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.97 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.752968  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  29.79 
 
 		 215 aa  47  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 215 aa  46.6  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3752  two component LuxR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 215 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4224  two component LuxR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 231 aa  46.6  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322534  normal  0.434129 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 215 aa  46.2  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.721789  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2960  LuxR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 196 aa  46.2  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.917749  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1861  LuxR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 196 aa  46.2  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.419693  normal  0.0598663 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3033  LuxR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 196 aa  46.2  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.011043  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4641  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 213 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.169112  normal  0.068024 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  36.07 
 
 		 216 aa  45.8  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  36.07 
 
 		 216 aa  46.2  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4699  two component LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 246 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.372391  hitchhiker  0.00465492 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0155  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.98 
 
 		 212 aa  45.8  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4886  putative GerE family regulatory protein  45.1 
 
 		 116 aa  45.8  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651447 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.78 
 
 		 216 aa  45.8  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  23.78 
 
 		 216 aa  45.8  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5451  two component LuxR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 223 aa  45.4  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761649  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 215 aa  45.4  0.0009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  21.8 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0213  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00305368 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4702  two component LuxR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 213 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.121015 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.12 
 
 		 208 aa  44.7  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0319702  normal  0.0827208 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0631  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.151672 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6659  two component LuxR family transcriptional regulator  27 
 
 		 207 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000389797  hitchhiker  0.000384101 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  36.84 
 
 		 218 aa  43.9  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1634  DNA-binding response regulator  26.67 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1129  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 231 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59770  putative two component response regulator  40.74 
 
 		 231 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000114482  hitchhiker  1.6476100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0170  capsular synthesis regulator component B  26.67 
 
 		 230 aa  43.5  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.443347  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3018  LuxR family DNA-binding response regulator  40.74 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.214987  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  36.84 
 
 		 228 aa  43.5  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3267  transcriptional regulator RcsB  36.07 
 
 		 216 aa  43.5  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00059602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1895  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.76 
 
 		 213 aa  43.5  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  36.84 
 
 		 228 aa  43.5  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04243  DNA-binding transcriptional activator  37.74 
 
 		 207 aa  43.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0432345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3631  transcriptional regulator, LuxR family  37.74 
 
 		 225 aa  43.1  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00452114  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  36.21 
 
 		 216 aa  43.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1034  DNA-binding response regulator  26.77 
 
 		 221 aa  43.1  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.315998  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2022  DNA-binding response regulator  26.77 
 
 		 221 aa  43.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  36.21 
 
 		 216 aa  43.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5879  DNA-binding transcriptional activator BglJ  37.74 
 
 		 225 aa  43.1  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0356322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4599  DNA-binding transcriptional activator BglJ  37.74 
 
 		 225 aa  43.1  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2517  transcriptional regulator RcsB  36.84 
 
 		 216 aa  43.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000600529  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4960  DNA-binding transcriptional activator BglJ  37.74 
 
 		 225 aa  43.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013279  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>