More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3752 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3752  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
215 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3041  two component LuxR family transcriptional regulator  69.3 
 
 
215 aa  302  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000032992  normal  0.146168 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3018  LuxR family DNA-binding response regulator  50 
 
 
221 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.214987  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59770  putative two component response regulator  50 
 
 
231 aa  204  9e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000114482  hitchhiker  1.6476100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3081  two component LuxR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
217 aa  191  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450994  normal  0.856151 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0735  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 
213 aa  176  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2764  transcriptional regulator RcsB  46.41 
 
 
217 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.408225  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1307  transcriptional regulator RcsB  46.41 
 
 
217 aa  169  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0162714  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2843  transcriptional regulator RcsB  46.41 
 
 
217 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  44.5 
 
 
216 aa  162  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3267  transcriptional regulator RcsB  44.5 
 
 
216 aa  161  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00059602  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3017  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  161  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259515  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2510  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.731723  normal  0.0675268 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  43.54 
 
 
216 aa  159  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2496  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424983  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2614  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.588596 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1630  DNA-binding response regulator  44.17 
 
 
220 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0322132  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0161  LuxR family DNA-binding response regulator  44.17 
 
 
220 aa  159  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2517  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000600529  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1433  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0102563  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3357  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000561339  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2366  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000282288  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2455  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
216 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.0831575 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  44.23 
 
 
228 aa  159  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  44.23 
 
 
228 aa  159  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  43.54 
 
 
216 aa  159  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  44.02 
 
 
218 aa  159  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0187  LuxR response regulator receiver  43.48 
 
 
220 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0142  DNA-binding response regulator  43.96 
 
 
220 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3677  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.53 
 
 
229 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0102182  hitchhiker  0.0000000000674126 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0280  two component LuxR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
229 aa  154  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188137 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4225  two component LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
241 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107538  normal  0.322545 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2872  two component LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
235 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.891055  hitchhiker  0.000000000201971 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1634  DNA-binding response regulator  38.57 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0170  capsular synthesis regulator component B  38.57 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.443347  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4224  two component LuxR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322534  normal  0.434129 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4965  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
214 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.122556 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3078  response regulator transcription regulator protein  39.42 
 
 
222 aa  142  5e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0498276  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1294  LuxR response regulator receiver  38.57 
 
 
220 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5845  LuxR response regulator receiver  36.71 
 
 
214 aa  141  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0155  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.32 
 
 
212 aa  138  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3938  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
218 aa  137  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.262256 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3010  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.97 
 
 
222 aa  136  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4702  two component LuxR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
213 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.121015 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5217  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3357  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.97 
 
 
222 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1693  LuxR response regulator receiver  37.56 
 
 
214 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.478316  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4444  capsular synthesis regulator component B, putative  38.6 
 
 
212 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1034  DNA-binding response regulator  36.95 
 
 
221 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.315998  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2225  DNA-binding response regulator  36.95 
 
 
221 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4641  two component LuxR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
213 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.169112  normal  0.068024 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2078  LuxR family DNA-binding response regulator  36.95 
 
 
221 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2022  DNA-binding response regulator  36.95 
 
 
221 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0258  LuxR response regulator receiver  36.67 
 
 
230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.752946  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2880  two component LuxR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345086  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5152  two component LuxR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.535465  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3287  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.404787 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3939  two component transcriptional regulator  37.21 
 
 
300 aa  131  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.555587 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0198  DNA-binding response regulator  36.67 
 
 
230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0289  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.57 
 
 
212 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16350  putative two-component response regulator  37.38 
 
 
213 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1421  putative two-component response regulator  35.92 
 
 
213 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1484  DNA-binding response regulator, LuxR family  37.62 
 
 
208 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11120  putative response regulator  35.75 
 
 
214 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3619  LuxR response regulator receiver  37.32 
 
 
219 aa  128  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0354  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
217 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2674  DNA-binding response regulator  37.56 
 
 
210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4069  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
225 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0879  DNA-binding response regulator  37.38 
 
 
210 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.888299  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1403  DNA-binding response regulator  37.38 
 
 
210 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.846273  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1797  DNA-binding response regulator  37.38 
 
 
210 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0473  DNA-binding response regulator  37.38 
 
 
210 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1640  capsular synthesis regulator component B  37.38 
 
 
210 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841891  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0685  capsular synthesis regulator component B  37.38 
 
 
210 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.394747  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1618  DNA-binding response regulator  37.38 
 
 
210 aa  125  6e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3667  two component LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
215 aa  124  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0631  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.41 
 
 
214 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.151672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3595  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 
215 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4627  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
216 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.527017  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1157  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
215 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.505737  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  35.38 
 
 
214 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0630  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.91 
 
 
234 aa  121  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.210211 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3388  two-component response regulator transcription regulator protein  33.5 
 
 
215 aa  121  9e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0201761  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3936  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
231 aa  120  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426907  normal  0.200888 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1021  putative response regulator  35.58 
 
 
214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3273  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.38 
 
 
215 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4070  two component LuxR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
229 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3986  two component LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
217 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.039666 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0030  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
229 aa  116  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6665  two component LuxR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
225 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0397086  normal  0.0268041 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0629  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.94 
 
 
230 aa  115  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452847  normal  0.285643 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3595  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3925  two component LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0355  two component LuxR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3459  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.141427  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2520  two component LuxR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
214 aa  111  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.943169  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0283  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.47 
 
 
208 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.393471  normal  0.0532877 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5941  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
206 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234506  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>