292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A4904 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A4801  DNA-binding transcriptional activator BglJ  100 
 
 
224 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.564373  normal  0.609809 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4869  DNA-binding transcriptional activator BglJ  100 
 
 
224 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0232651  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4904  DNA-binding transcriptional activator BglJ  100 
 
 
224 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.53459  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4956  DNA-binding transcriptional activator BglJ  99.55 
 
 
224 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4962  DNA-binding transcriptional activator BglJ  99.55 
 
 
224 aa  458  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.793457  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4960  DNA-binding transcriptional activator BglJ  63.64 
 
 
225 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013279  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3631  transcriptional regulator, LuxR family  63.18 
 
 
225 aa  279  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00452114  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5879  DNA-binding transcriptional activator BglJ  63.18 
 
 
225 aa  279  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0356322  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4599  DNA-binding transcriptional activator BglJ  63.18 
 
 
225 aa  279  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4912  DNA-binding transcriptional activator BglJ  63.18 
 
 
225 aa  278  4e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000035455  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3689  DNA-binding transcriptional activator BglJ  62.44 
 
 
207 aa  254  7e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.256974  decreased coverage  0.00000689885 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04243  DNA-binding transcriptional activator  61.95 
 
 
207 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0432345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04209  hypothetical protein  61.95 
 
 
207 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0565957  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0524  DNA-binding transcriptional activator BglJ  48.96 
 
 
211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.441884  decreased coverage  0.00182445 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5845  LuxR response regulator receiver  30.2 
 
 
214 aa  67  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  27.18 
 
 
218 aa  65.5  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3081  two component LuxR family transcriptional regulator  27.32 
 
 
217 aa  64.3  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450994  normal  0.856151 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3017  transcriptional regulator RcsB  26.7 
 
 
216 aa  63.5  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  26.01 
 
 
216 aa  62.4  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  26.01 
 
 
216 aa  62.4  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3267  transcriptional regulator RcsB  29.24 
 
 
216 aa  60.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00059602  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1307  transcriptional regulator RcsB  30.41 
 
 
217 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0162714  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2843  transcriptional regulator RcsB  30.41 
 
 
217 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2764  transcriptional regulator RcsB  30.41 
 
 
217 aa  59.7  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.408225  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16350  putative two-component response regulator  29.81 
 
 
213 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1646  two component LuxR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
219 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.92254 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0590  two component LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
215 aa  58.5  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0603  two component LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
215 aa  58.5  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0581  two component LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
215 aa  58.5  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259515  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1433  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0102563  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.96 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2510  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.731723  normal  0.0675268 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2614  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.588596 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
228 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2496  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424983  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
228 aa  58.2  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2366  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000282288  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2517  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000600529  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2455  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.0831575 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3357  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000561339  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  30.94 
 
 
216 aa  57.8  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0630  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.08 
 
 
234 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.210211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1421  putative two-component response regulator  27.23 
 
 
213 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4070  two component LuxR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
229 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4699  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
246 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.372391  hitchhiker  0.00465492 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2255  putative transcriptional regulator  40 
 
 
212 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0808718  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 
218 aa  54.7  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1484  DNA-binding response regulator, LuxR family  31.97 
 
 
208 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1294  LuxR response regulator receiver  31.79 
 
 
220 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0155  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.86 
 
 
212 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1618  DNA-binding response regulator  28.99 
 
 
210 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0879  DNA-binding response regulator  28.99 
 
 
210 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.888299  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1797  DNA-binding response regulator  28.99 
 
 
210 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  24.59 
 
 
209 aa  53.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1403  DNA-binding response regulator  28.99 
 
 
210 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.846273  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0473  DNA-binding response regulator  28.99 
 
 
210 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1640  capsular synthesis regulator component B  28.99 
 
 
210 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841891  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0685  capsular synthesis regulator component B  28.99 
 
 
210 aa  53.5  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.394747  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4069  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
225 aa  52.8  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0735  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 
213 aa  52.4  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26570  putative transcriptional regulator  33.12 
 
 
212 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.604718  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1233  two component transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 
220 aa  52  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.792953 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 
209 aa  52  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4444  capsular synthesis regulator component B, putative  28.37 
 
 
212 aa  51.6  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0289  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.66 
 
 
212 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4224  two component LuxR family transcriptional regulator  29.58 
 
 
231 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322534  normal  0.434129 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2674  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 
210 aa  51.2  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  46.67 
 
 
210 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  23.76 
 
 
209 aa  51.6  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  46.67 
 
 
210 aa  50.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2344  two component LuxR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
208 aa  51.2  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  23.76 
 
 
209 aa  51.6  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  23.76 
 
 
209 aa  51.6  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3752  two component LuxR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
215 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  46.67 
 
 
210 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  46.67 
 
 
210 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  46.67 
 
 
210 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0631  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.17 
 
 
214 aa  50.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.151672 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.07 
 
 
213 aa  50.1  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1630  DNA-binding response regulator  47.27 
 
 
220 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0322132  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0728  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
217 aa  50.1  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0161  LuxR family DNA-binding response regulator  47.27 
 
 
220 aa  49.7  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0154  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.21 
 
 
244 aa  49.3  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1526  two-component response regulator EsrB  31.94 
 
 
212 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.577557  hitchhiker  0.00169027 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1489  EsrB  31.94 
 
 
212 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.121116  normal  0.320198 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1950  hypothetical protein  31.94 
 
 
212 aa  49.3  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0094858 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1780  EsrB  31.94 
 
 
212 aa  49.7  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.111024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2879  LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
199 aa  49.3  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0187  LuxR response regulator receiver  45.45 
 
 
220 aa  48.9  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.67 
 
 
208 aa  48.9  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0319702  normal  0.0827208 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  49.09 
 
 
210 aa  48.9  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  29.94 
 
 
217 aa  48.5  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  29.94 
 
 
217 aa  48.5  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0354  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
217 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0142  DNA-binding response regulator  45.45 
 
 
220 aa  48.5  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
215 aa  48.5  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851836  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4235  two component LuxR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
215 aa  48.1  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2614  two component LuxR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
222 aa  48.5  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>