More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3213 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3213  ribosome-associated GTPase  100 
 
 		 353 aa  726    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106203  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3318  ribosome-associated GTPase  83.57 
 
 		 353 aa  607  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00153777  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3440  ribosome-associated GTPase  79.94 
 
 		 354 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0589  ribosome-associated GTPase  80.52 
 
 		 354 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235355 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0591  ribosome-associated GTPase  79.94 
 
 		 354 aa  578  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0590  ribosome-associated GTPase  79.94 
 
 		 354 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155455 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3775  ribosome-associated GTPase  79.49 
 
 		 354 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0597624  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3718  ribosome-associated GTPase  79.49 
 
 		 354 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3901  ribosome-associated GTPase  79.49 
 
 		 354 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.047373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3288  ribosome-associated GTPase  78.63 
 
 		 354 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0789  ribosome-associated GTPase  75.07 
 
 		 352 aa  557  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.106685  hitchhiker  0.00135027 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4179  ribosome-associated GTPase  75.43 
 
 		 352 aa  551  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0550  ribosome-associated GTPase  78.64 
 
 		 340 aa  547  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00144595  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3548  ribosome-associated GTPase  74 
 
 		 354 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.814958  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3033  ribosome-associated GTPase  73.37 
 
 		 351 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0558  ribosome-associated GTPase  74.7 
 
 		 337 aa  527  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.806165  normal  0.213457 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3809  ribosome-associated GTPase  56.9 
 
 		 350 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000110208  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0709  ribosome-associated GTPase  56.9 
 
 		 350 aa  404  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.547116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3662  ribosome-associated GTPase  56.9 
 
 		 350 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000216302  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2784  ribosome-associated GTPase  54.78 
 
 		 351 aa  395  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00550  ribosome-associated GTPase  54.23 
 
 		 347 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0386  ribosome-associated GTPase  56.21 
 
 		 349 aa  396  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0475  ribosome-associated GTPase  56.21 
 
 		 349 aa  396  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.84986  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002251  ribosome small subunit-stimulated GTPase EngC  55.27 
 
 		 354 aa  394  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00154868  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3336  ribosome-associated GTPase  53.6 
 
 		 347 aa  392  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.14191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0423  ribosome-associated GTPase  54.96 
 
 		 349 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000942768  hitchhiker  0.000000790004 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00113  ribosome-associated GTPase  54.49 
 
 		 372 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04031  ribosome-associated GTPase  53.95 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000932419  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3829  ribosome small subunit-dependent GTPase A  53.67 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101292  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4718  ribosome-associated GTPase  53.95 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000781883  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4404  ribosome-associated GTPase  53.95 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03993  hypothetical protein  53.95 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000592  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5677  ribosome-associated GTPase  53.95 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000100514  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4693  ribosome-associated GTPase  53.95 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000151742  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4632  ribosome-associated GTPase  53.95 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000257441  normal  0.0538401 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3849  ribosome-associated GTPase  53.67 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00200701  hitchhiker  0.0000985996 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3482  ribosome-associated GTPase  55.69 
 
 		 342 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.845882  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4710  ribosome-associated GTPase  52.82 
 
 		 350 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.516507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2742  ribosome-associated GTPase  54.42 
 
 		 353 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201123  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4767  ribosome-associated GTPase  52.82 
 
 		 350 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.686105  normal  0.0608058 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3754  ribosome-associated GTPase  54.8 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3932  ribosome-associated GTPase  54.52 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4627  ribosome-associated GTPase  52.82 
 
 		 350 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000117674  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4618  ribosome-associated GTPase  52.82 
 
 		 350 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4746  ribosome-associated GTPase  52.54 
 
 		 350 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0249922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1099  ribosome-associated GTPase  50.71 
 
 		 350 aa  372  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000548544  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4380  ribosome-associated GTPase  54.19 
 
 		 352 aa  367  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0347  ribosome-associated GTPase  51.71 
 
 		 358 aa  363  3e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0044619  unclonable  0.00000256254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4694  ribosome-associated GTPase  47.38 
 
 		 343 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4903  ribosome-associated GTPase  47.09 
 
 		 343 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4779  ribosome-associated GTPase  47.09 
 
 		 343 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4955  ribosome-associated GTPase  46.8 
 
 		 343 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626637 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0514  ribosome-associated GTPase  45.93 
 
 		 343 aa  305  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0563  ribosome-associated GTPase  45.35 
 
 		 343 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4951  hypothetical protein  45.35 
 
 		 343 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2777  ribosome-associated GTPase  45.58 
 
 		 351 aa  300  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07460  ribosome-associated GTPase  43.8 
 
 		 343 aa  297  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2639  ribosome-associated GTPase  44.13 
 
 		 344 aa  296  5e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.014804  hitchhiker  0.000000658007 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0626  ribosome-associated GTPase  44.48 
 
 		 343 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2677  putative GTPase  41.48 
 
 		 343 aa  273  5.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65420  ribosome-associated GTPase  47.1 
 
 		 339 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.672753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5681  ribosome-associated GTPase  46.77 
 
 		 334 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1269  ribosome-associated GTPase  47.52 
 
 		 340 aa  256  4e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2799  hypothetical protein  37.69 
 
 		 325 aa  231  1e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2668  hypothetical protein  37.65 
 
 		 325 aa  231  1e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0711  GTPase EngC  40.91 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.197217  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0630  GTPase EngC  37.94 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000140785  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1078  ribosome-associated GTPase  42.86 
 
 		 289 aa  223  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0810  ribosome small subunit-dependent GTPase A  33.94 
 
 		 374 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0254422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1735  GTPase EngC  42.4 
 
 		 367 aa  215  9e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.216603  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1553  putative sigma-54 interacting protein  35.87 
 
 		 367 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000818297  normal  0.17654 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0537  hypothetical protein  38.83 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3004  ribosome-associated GTPase  39.25 
 
 		 289 aa  210  4e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1475  ribosome-associated GTPase  39.52 
 
 		 287 aa  207  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.389799  normal  0.245969 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1702  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.2 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1503  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.86 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.439289  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2327  ribosome small subunit-dependent GTPase A  41.99 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549322 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3806  ribosome-associated GTPase  36.88 
 
 		 306 aa  197  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3154  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.09 
 
 		 346 aa  196  5.000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000496758 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1859  ribosome small subunit-dependent GTPase A  37.68 
 
 		 316 aa  193  5e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3595  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.91 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2354  ribosome small subunit-dependent GTPase A  38.91 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.559987  normal  0.113412 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2475  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.93 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.818864  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0237  ribosome-associated GTPase  35.88 
 
 		 314 aa  186  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0394  ribosome-associated GTPase  35.88 
 
 		 314 aa  186  8e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10588  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0910  ribosome-associated GTPase  35.88 
 
 		 314 aa  186  8e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2537  ribosome-associated GTPase  35.88 
 
 		 314 aa  186  8e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.394286  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1992  ribosome-associated GTPase  37.01 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.481604  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2960  ribosome-associated GTPase  34.8 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.804771  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1568  ribosome small subunit-dependent GTPase A  34.73 
 
 		 321 aa  182  8.000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2850  ribosome-associated GTPase  34.8 
 
 		 314 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2910  ribosome-associated GTPase  34.8 
 
 		 314 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1900  ribosome-associated GTPase  35.14 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.830511 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4190  ribosome-associated GTPase  35.14 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.503952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0597  ribosome-associated GTPase  35.14 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1076  ribosome-associated GTPase  35.14 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0429  ribosome-associated GTPase  34.47 
 
 		 311 aa  180  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3198  ribosome-associated GTPase  32.26 
 
 		 311 aa  179  4.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1014  ribosome-associated GTPase  36.75 
 
 		 316 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1035  ribosome-associated GTPase  35.14 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>