More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3754 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3932  ribosome-associated GTPase  96.56 
 
 		 349 aa  674    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3754  ribosome-associated GTPase  100 
 
 		 349 aa  719    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0386  ribosome-associated GTPase  85.1 
 
 		 349 aa  623  1e-177  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0475  ribosome-associated GTPase  83.38 
 
 		 349 aa  610  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.84986  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04031  ribosome-associated GTPase  76.64 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000932419  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3829  ribosome small subunit-dependent GTPase A  76.35 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101292  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4632  ribosome-associated GTPase  76.64 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000257441  normal  0.0538401 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5677  ribosome-associated GTPase  76.64 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000100514  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4718  ribosome-associated GTPase  76.64 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000781883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3849  ribosome-associated GTPase  76.35 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00200701  hitchhiker  0.0000985996 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4693  ribosome-associated GTPase  76.64 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000151742  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4404  ribosome-associated GTPase  76.64 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03993  hypothetical protein  76.64 
 
 		 350 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000592  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4767  ribosome-associated GTPase  75.78 
 
 		 350 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.686105  normal  0.0608058 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4618  ribosome-associated GTPase  76.07 
 
 		 350 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4627  ribosome-associated GTPase  75.78 
 
 		 350 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000117674  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4710  ribosome-associated GTPase  75.78 
 
 		 350 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.516507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0423  ribosome-associated GTPase  76.08 
 
 		 349 aa  557  1e-157  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000942768  hitchhiker  0.000000790004 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4746  ribosome-associated GTPase  75.5 
 
 		 350 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0249922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3809  ribosome-associated GTPase  75.71 
 
 		 350 aa  539  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000110208  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0347  ribosome-associated GTPase  75.78 
 
 		 358 aa  540  9.999999999999999e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0044619  unclonable  0.00000256254 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3662  ribosome-associated GTPase  75.71 
 
 		 350 aa  539  9.999999999999999e-153  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000216302  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0709  ribosome-associated GTPase  75.71 
 
 		 350 aa  539  9.999999999999999e-153  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.547116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00113  ribosome-associated GTPase  62.46 
 
 		 372 aa  462  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002251  ribosome small subunit-stimulated GTPase EngC  62.21 
 
 		 354 aa  456  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00154868  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2784  ribosome-associated GTPase  61.63 
 
 		 351 aa  455  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2742  ribosome-associated GTPase  60.76 
 
 		 353 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201123  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3336  ribosome-associated GTPase  58.24 
 
 		 347 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.14191  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4380  ribosome-associated GTPase  57.06 
 
 		 352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4179  ribosome-associated GTPase  55.52 
 
 		 352 aa  403  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00550  ribosome-associated GTPase  56.8 
 
 		 347 aa  398  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0591  ribosome-associated GTPase  56.57 
 
 		 354 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0590  ribosome-associated GTPase  56.57 
 
 		 354 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155455 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0558  ribosome-associated GTPase  55.19 
 
 		 337 aa  396  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.806165  normal  0.213457 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3482  ribosome-associated GTPase  57.14 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.845882  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1099  ribosome-associated GTPase  52.3 
 
 		 350 aa  396  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000548544  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3440  ribosome-associated GTPase  56.29 
 
 		 354 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0589  ribosome-associated GTPase  56.29 
 
 		 354 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235355 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0789  ribosome-associated GTPase  55.46 
 
 		 352 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.106685  hitchhiker  0.00135027 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3901  ribosome-associated GTPase  55.43 
 
 		 354 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.047373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3718  ribosome-associated GTPase  55.43 
 
 		 354 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3775  ribosome-associated GTPase  55.14 
 
 		 354 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0597624  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3213  ribosome-associated GTPase  54.52 
 
 		 353 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106203  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3318  ribosome-associated GTPase  54.8 
 
 		 353 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00153777  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3288  ribosome-associated GTPase  55.71 
 
 		 354 aa  391  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3033  ribosome-associated GTPase  55.17 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0550  ribosome-associated GTPase  54.79 
 
 		 340 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00144595  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3548  ribosome-associated GTPase  52.29 
 
 		 354 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.814958  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2639  ribosome-associated GTPase  47.67 
 
 		 344 aa  322  4e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.014804  hitchhiker  0.000000658007 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2777  ribosome-associated GTPase  44.89 
 
 		 351 aa  310  2.9999999999999997e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0514  ribosome-associated GTPase  46.53 
 
 		 343 aa  309  5e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4694  ribosome-associated GTPase  46.24 
 
 		 343 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4955  ribosome-associated GTPase  46.24 
 
 		 343 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626637 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4903  ribosome-associated GTPase  46.24 
 
 		 343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4779  ribosome-associated GTPase  46.24 
 
 		 343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07460  ribosome-associated GTPase  46.53 
 
 		 343 aa  304  1.0000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0563  ribosome-associated GTPase  45.95 
 
 		 343 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4951  hypothetical protein  45.95 
 
 		 343 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2677  putative GTPase  43.3 
 
 		 343 aa  290  3e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5681  ribosome-associated GTPase  49.35 
 
 		 334 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0626  ribosome-associated GTPase  45.38 
 
 		 343 aa  285  7e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65420  ribosome-associated GTPase  45.91 
 
 		 339 aa  285  9e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.672753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1269  ribosome-associated GTPase  46.22 
 
 		 340 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2799  hypothetical protein  42.18 
 
 		 325 aa  271  9e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2668  hypothetical protein  41.59 
 
 		 325 aa  270  2.9999999999999997e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0810  ribosome small subunit-dependent GTPase A  37.09 
 
 		 374 aa  241  1e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0254422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1553  putative sigma-54 interacting protein  38.66 
 
 		 367 aa  237  3e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000818297  normal  0.17654 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1078  ribosome-associated GTPase  45.99 
 
 		 289 aa  235  9e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1735  GTPase EngC  38.38 
 
 		 367 aa  234  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.216603  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3154  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.18 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000496758 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0630  GTPase EngC  38.44 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000140785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1503  ribosome small subunit-dependent GTPase A  39.26 
 
 		 334 aa  223  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.439289  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3004  ribosome-associated GTPase  42.91 
 
 		 289 aa  212  9e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1702  ribosome small subunit-dependent GTPase A  42.44 
 
 		 319 aa  209  4e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0537  hypothetical protein  37.2 
 
 		 299 aa  202  9e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0711  GTPase EngC  39.66 
 
 		 313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.197217  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1568  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.49 
 
 		 321 aa  200  3.9999999999999996e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1992  ribosome-associated GTPase  38.64 
 
 		 314 aa  199  7e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.481604  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1475  ribosome-associated GTPase  38.91 
 
 		 287 aa  195  9e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.389799  normal  0.245969 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3198  ribosome-associated GTPase  35.67 
 
 		 311 aa  193  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0882  ribosome-associated GTPase  37.85 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.493781 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3806  ribosome-associated GTPase  34.87 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0811  ribosome-associated GTPase  37.85 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485939  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0940  ribosome-associated GTPase  39.23 
 
 		 318 aa  189  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0176411 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2400  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.1 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0776  ribosome-associated GTPase  38.36 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0429  ribosome-associated GTPase  36.03 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0905  ribosome-associated GTPase  38.22 
 
 		 324 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569285  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0329  GTPase EngC  36.01 
 
 		 319 aa  181  1e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000202541  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2576  ribosome-associated GTPase  37.46 
 
 		 323 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2227  ribosome-associated GTPase  37.5 
 
 		 313 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.915652  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0394  ribosome-associated GTPase  36.72 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10588  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0237  ribosome-associated GTPase  36.72 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2537  ribosome-associated GTPase  36.72 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.394286  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0910  ribosome-associated GTPase  36.72 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1668  ribosome-associated GTPase  37.01 
 
 		 316 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34029  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2970  ribosome-associated GTPase  37.99 
 
 		 316 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.106971 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2850  ribosome-associated GTPase  37.01 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2354  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.33 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.559987  normal  0.113412 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2914  putative ATP/GTP-binding protein  36.18 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.589504  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>