More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3318 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3318  ribosome-associated GTPase  100 
 
 		 353 aa  721    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00153777  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3213  ribosome-associated GTPase  83.57 
 
 		 353 aa  607  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.106203  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0591  ribosome-associated GTPase  78.29 
 
 		 354 aa  566  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3775  ribosome-associated GTPase  77.43 
 
 		 354 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0597624  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3901  ribosome-associated GTPase  77.43 
 
 		 354 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.047373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3718  ribosome-associated GTPase  77.43 
 
 		 354 aa  564  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0590  ribosome-associated GTPase  77.71 
 
 		 354 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155455 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0589  ribosome-associated GTPase  77.71 
 
 		 354 aa  567  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3440  ribosome-associated GTPase  77.14 
 
 		 354 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3288  ribosome-associated GTPase  77.43 
 
 		 354 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0789  ribosome-associated GTPase  75.14 
 
 		 352 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.106685  hitchhiker  0.00135027 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4179  ribosome-associated GTPase  75.43 
 
 		 352 aa  556  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0550  ribosome-associated GTPase  76.79 
 
 		 340 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00144595  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3033  ribosome-associated GTPase  72.52 
 
 		 351 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3548  ribosome-associated GTPase  71.79 
 
 		 354 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.814958  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0558  ribosome-associated GTPase  73.13 
 
 		 337 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.806165  normal  0.213457 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0709  ribosome-associated GTPase  58.55 
 
 		 350 aa  409  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.547116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3809  ribosome-associated GTPase  58.55 
 
 		 350 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000110208  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3662  ribosome-associated GTPase  58.55 
 
 		 350 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000216302  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0475  ribosome-associated GTPase  58.19 
 
 		 349 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.84986  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0386  ribosome-associated GTPase  57.63 
 
 		 349 aa  402  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04031  ribosome-associated GTPase  56.5 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000932419  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3829  ribosome small subunit-dependent GTPase A  56.21 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000101292  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3849  ribosome-associated GTPase  56.21 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00200701  hitchhiker  0.0000985996 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5677  ribosome-associated GTPase  56.5 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000100514  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4693  ribosome-associated GTPase  56.5 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000151742  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03993  hypothetical protein  56.5 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000592  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4718  ribosome-associated GTPase  56.5 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000781883  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4404  ribosome-associated GTPase  56.5 
 
 		 350 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234943  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4632  ribosome-associated GTPase  56.5 
 
 		 350 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000257441  normal  0.0538401 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2784  ribosome-associated GTPase  53.87 
 
 		 351 aa  395  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4767  ribosome-associated GTPase  55.37 
 
 		 350 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.686105  normal  0.0608058 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0423  ribosome-associated GTPase  56.29 
 
 		 349 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000942768  hitchhiker  0.000000790004 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4627  ribosome-associated GTPase  55.37 
 
 		 350 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000117674  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002251  ribosome small subunit-stimulated GTPase EngC  56.13 
 
 		 354 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00154868  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4710  ribosome-associated GTPase  55.37 
 
 		 350 aa  395  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.516507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4618  ribosome-associated GTPase  55.37 
 
 		 350 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4746  ribosome-associated GTPase  55.08 
 
 		 350 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0249922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00550  ribosome-associated GTPase  54.81 
 
 		 347 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3336  ribosome-associated GTPase  54.47 
 
 		 347 aa  394  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.14191  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4380  ribosome-associated GTPase  56.82 
 
 		 352 aa  389  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00113  ribosome-associated GTPase  55.65 
 
 		 372 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3482  ribosome-associated GTPase  54.81 
 
 		 342 aa  381  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.845882  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3932  ribosome-associated GTPase  55.08 
 
 		 349 aa  378  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2742  ribosome-associated GTPase  54.7 
 
 		 353 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201123  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3754  ribosome-associated GTPase  55.08 
 
 		 349 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0347  ribosome-associated GTPase  54.15 
 
 		 358 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0044619  unclonable  0.00000256254 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1099  ribosome-associated GTPase  49.57 
 
 		 350 aa  352  4e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000548544  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07460  ribosome-associated GTPase  45.24 
 
 		 343 aa  310  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4694  ribosome-associated GTPase  46.22 
 
 		 343 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0514  ribosome-associated GTPase  46.22 
 
 		 343 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2639  ribosome-associated GTPase  44.13 
 
 		 344 aa  303  4.0000000000000003e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.014804  hitchhiker  0.000000658007 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4903  ribosome-associated GTPase  45.64 
 
 		 343 aa  301  9e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4779  ribosome-associated GTPase  45.64 
 
 		 343 aa  301  9e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4955  ribosome-associated GTPase  45.64 
 
 		 343 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626637 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0563  ribosome-associated GTPase  44.48 
 
 		 343 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4951  hypothetical protein  44.48 
 
 		 343 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65420  ribosome-associated GTPase  50 
 
 		 339 aa  295  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.672753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2777  ribosome-associated GTPase  45.01 
 
 		 351 aa  294  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5681  ribosome-associated GTPase  49.35 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0626  ribosome-associated GTPase  46.8 
 
 		 343 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.749766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2677  putative GTPase  42.37 
 
 		 343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1269  ribosome-associated GTPase  48.51 
 
 		 340 aa  262  8e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2799  hypothetical protein  39.27 
 
 		 325 aa  241  2e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2668  hypothetical protein  38.67 
 
 		 325 aa  239  5.999999999999999e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0630  GTPase EngC  38.76 
 
 		 340 aa  228  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000140785  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0810  ribosome small subunit-dependent GTPase A  33.33 
 
 		 374 aa  223  3e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0254422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3004  ribosome-associated GTPase  40.68 
 
 		 289 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0537  hypothetical protein  39.52 
 
 		 299 aa  216  7e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1553  putative sigma-54 interacting protein  35.2 
 
 		 367 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000818297  normal  0.17654 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0711  GTPase EngC  37.01 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.197217  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1735  GTPase EngC  35.47 
 
 		 367 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.216603  normal  0.355658 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1702  ribosome small subunit-dependent GTPase A  40.2 
 
 		 319 aa  208  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1078  ribosome-associated GTPase  40.69 
 
 		 289 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1475  ribosome-associated GTPase  39.31 
 
 		 287 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.389799  normal  0.245969 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3154  ribosome small subunit-dependent GTPase A  35.71 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000496758 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1503  ribosome small subunit-dependent GTPase A  37.07 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.439289  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1992  ribosome-associated GTPase  37.25 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.481604  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2327  ribosome small subunit-dependent GTPase A  41.43 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00549322 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1568  ribosome small subunit-dependent GTPase A  36.71 
 
 		 321 aa  196  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0394  ribosome-associated GTPase  36.12 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10588  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0910  ribosome-associated GTPase  36.12 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0237  ribosome-associated GTPase  36.12 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2537  ribosome-associated GTPase  36.12 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.394286  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4190  ribosome-associated GTPase  36.05 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.503952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1014  ribosome-associated GTPase  37.12 
 
 		 316 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2850  ribosome-associated GTPase  36.09 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2960  ribosome-associated GTPase  36.09 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.804771  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2910  ribosome-associated GTPase  36.09 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3595  ribosome small subunit-dependent GTPase A  38.34 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0597  ribosome-associated GTPase  36.03 
 
 		 313 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1076  ribosome-associated GTPase  36.03 
 
 		 313 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0776  ribosome-associated GTPase  36.27 
 
 		 317 aa  189  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0799745 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2970  ribosome-associated GTPase  36.54 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.106971 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1958  ribosome-associated GTPase  38.41 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1068  ribosome-associated GTPase  37.5 
 
 		 293 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3903  ribosome-associated GTPase  37.96 
 
 		 293 aa  189  8e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0905748  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3620  ribosome-associated GTPase  37.96 
 
 		 293 aa  189  8e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0108869  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3909  ribosome-associated GTPase  37.96 
 
 		 293 aa  189  8e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812808  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0956  ribosome-associated GTPase  35.71 
 
 		 313 aa  189  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.231895  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>