116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2190 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2190  hypothetical protein  100 
 
 		 468 aa  939    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1786  hypothetical protein  60.96 
 
 		 500 aa  498  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2658  hypothetical protein  62.68 
 
 		 501 aa  479  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.853599  normal  0.0770417 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2684  hypothetical protein  55.9 
 
 		 454 aa  466  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1572  hypothetical protein  59.07 
 
 		 498 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1023  membrane-bound serine protease (ClpP class)-like protein  53.79 
 
 		 529 aa  385  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3548  hypothetical protein  48.05 
 
 		 453 aa  369  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0969305  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0946  hypothetical protein  49.04 
 
 		 463 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0248108  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2129  hypothetical protein  43.54 
 
 		 496 aa  362  8e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0491  transmembrane protein  45.79 
 
 		 446 aa  352  5.9999999999999994e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1634  hypothetical protein  43.74 
 
 		 459 aa  346  7e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06173  serine protease  47.83 
 
 		 455 aa  344  2e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1642  membrane-bound serine protease (ClpP class)  47.38 
 
 		 455 aa  343  4e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.068778  normal  0.0912481 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1039  hypothetical protein  44.06 
 
 		 456 aa  338  9e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0853  hypothetical protein  43.05 
 
 		 472 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05730  hypothetical protein  44.57 
 
 		 472 aa  338  9.999999999999999e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.962893  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000357  nfed family protein  46.64 
 
 		 458 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2767  nodulation efficiency protein NfeD  43.11 
 
 		 464 aa  332  1e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0224  hypothetical protein  46.04 
 
 		 447 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0401  hypothetical protein  44.92 
 
 		 460 aa  330  3e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680727  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2176  nodulation efficiency protein D  41.91 
 
 		 560 aa  330  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0824  NfeD family protein  42.16 
 
 		 501 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.826176  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1082  hypothetical protein  39.34 
 
 		 546 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409123  hitchhiker  0.00827512 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5652  protein of unknown function DUF107  39.68 
 
 		 522 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.995494 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1783  hypothetical protein  41.36 
 
 		 490 aa  327  4.0000000000000003e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0916  NfeD family protein  41.24 
 
 		 503 aa  326  6e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654023  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0471  nodulation efficiency protein NfeD  44.11 
 
 		 481 aa  325  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0990  hypothetical protein  48.45 
 
 		 453 aa  323  4e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.781723 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0527  non-proteolytic membrane spanning protein, peptidase family S49  43.9 
 
 		 458 aa  323  4e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1661  nfeD family protein  43.66 
 
 		 458 aa  319  7.999999999999999e-86  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.125508  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2106  protein of unknown function DUF107  37.15 
 
 		 510 aa  317  2e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.420737 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0200  hypothetical protein  47 
 
 		 448 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0805  hypothetical protein  43.06 
 
 		 491 aa  317  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.743385  normal  0.719303 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1805  nodulation competitiveness protein nfeD  40.62 
 
 		 557 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151355  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3369  hypothetical protein  42.44 
 
 		 488 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0221  hypothetical protein  46.28 
 
 		 448 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.719218 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0118  hypothetical protein  42.92 
 
 		 488 aa  311  1e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0268  hypothetical protein  46.28 
 
 		 449 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1602  Nodulation efficiency protein NfeD  40.44 
 
 		 489 aa  311  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1989  nodulation efficiency protein NfeD  42.43 
 
 		 473 aa  310  4e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00554582  normal  0.0711803 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0749  protein of unknown function DUF107  40.38 
 
 		 464 aa  310  5e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.482474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0819  protein of unknown function DUF107  40.67 
 
 		 462 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.273876  normal  0.314261 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4390  protein of unknown function DUF107  43.43 
 
 		 467 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4519  hypothetical protein  43.6 
 
 		 452 aa  307  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.829865  normal  0.308497 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5124  hypothetical protein  40.3 
 
 		 508 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.417825 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2149  hypothetical protein  42.26 
 
 		 488 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05880  putative membrane-bound protease  44.16 
 
 		 443 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0803  hypothetical protein  41.36 
 
 		 470 aa  298  9e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3654  hypothetical protein  41.43 
 
 		 524 aa  296  5e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5321  hypothetical protein  42.35 
 
 		 516 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00956153  decreased coverage  0.00774804 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3402  hypothetical protein  42.08 
 
 		 519 aa  293  6e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4965  hypothetical protein  42.08 
 
 		 519 aa  293  6e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4387  hypothetical protein  41.38 
 
 		 525 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98413  normal  0.116694 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4906  hypothetical protein  41.47 
 
 		 528 aa  286  4e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.349599 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0712  membrane-bound serine protease  40.75 
 
 		 525 aa  286  5e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0553  putative lipoprotein  44.13 
 
 		 443 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0348  hypothetical protein  43.43 
 
 		 465 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3029  hypothetical protein  42.69 
 
 		 501 aa  273  3e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2887  hypothetical protein  42.45 
 
 		 501 aa  270  5e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3380  protein of unknown function DUF107  40.61 
 
 		 467 aa  257  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0017  protein of unknown function DUF107  41.9 
 
 		 437 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1515  hypothetical protein  39.13 
 
 		 486 aa  249  6e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.331785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1213  protein of unknown function DUF107  38.37 
 
 		 439 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00310663  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3060  protein of unknown function DUF107  37.88 
 
 		 430 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0619  hypothetical protein  34.84 
 
 		 443 aa  231  2e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.857657  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1354  protein of unknown function DUF107  34.55 
 
 		 429 aa  230  5e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000001209  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2913  hypothetical protein  35.87 
 
 		 423 aa  229  6e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0465  hypothetical protein  34.93 
 
 		 451 aa  229  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00378615  normal  0.0107416 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0813  nodulation efficiency protein NfeD  38.22 
 
 		 446 aa  227  3e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000363847  hitchhiker  0.000000223757 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2431  hypothetical protein  37.41 
 
 		 433 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25642  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1959  membrane-bound serine protease (ClpP class), putative  37.63 
 
 		 470 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0871  protein of unknown function DUF107  34.78 
 
 		 444 aa  218  2e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000176034  normal  0.0484156 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1025  protein of unknown function DUF107  34.43 
 
 		 453 aa  216  5e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2529  nodulation efficiency protein NfeD  31.23 
 
 		 438 aa  201  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.942851  normal  0.950756 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0941  protein of unknown function DUF107  35.8 
 
 		 425 aa  199  7e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1160  nodulation efficiency protein NfeD  37.5 
 
 		 445 aa  189  7e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00735841  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1169  protein of unknown function DUF107  35.85 
 
 		 434 aa  187  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123968 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1590  protein of unknown function DUF107  33.92 
 
 		 471 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2369  nodulation efficiency protein NfeD  33.85 
 
 		 472 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1495  protein of unknown function DUF107  33.92 
 
 		 471 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0864  protein of unknown function DUF107  34.61 
 
 		 447 aa  178  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0908581  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1477  hypothetical protein  32.06 
 
 		 436 aa  177  5e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135375  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1742  protein of unknown function DUF107  32.04 
 
 		 462 aa  175  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0102804 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1501  hypothetical protein  33.85 
 
 		 452 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0487319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1803  nodulation efficiency protein NfeD  29.93 
 
 		 437 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1306  NfeD protein  32.55 
 
 		 443 aa  155  2e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1731  hypothetical protein  30.88 
 
 		 421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3474  nodulation efficiency protein NfeD  31.99 
 
 		 442 aa  140  4.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0121141 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1013  protein of unknown function DUF107  25.91 
 
 		 455 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0037  nodulation efficiency protein NfeD  32.93 
 
 		 452 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00280773  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1336  hypothetical protein  28.06 
 
 		 464 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.965224  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1623  hypothetical protein  26.79 
 
 		 464 aa  124  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.475533 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0068  hypothetical protein  29.65 
 
 		 454 aa  117  3e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0014  hypothetical protein  27.51 
 
 		 427 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2167  nodulation efficiency protein NfeD  27.55 
 
 		 428 aa  100  7e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1193  protein of unknown function DUF107  26.9 
 
 		 458 aa  90.5  7e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0874985  normal  0.16265 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1572  hypothetical protein  24.04 
 
 		 436 aa  90.1  8e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.951288  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1056  hypothetical protein  26.53 
 
 		 438 aa  89.4  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.919893 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2227  protein of unknown function DUF107  28.89 
 
 		 424 aa  83.2  0.000000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.46745  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1190  protein of unknown function DUF107  24.69 
 
 		 447 aa  79.7  0.0000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00806251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>