115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0268 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0200  hypothetical protein  84.41 
 
 		 448 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0221  hypothetical protein  85.08 
 
 		 448 aa  707    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.719218 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0224  hypothetical protein  84.41 
 
 		 447 aa  714    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0268  hypothetical protein  100 
 
 		 449 aa  888    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05730  hypothetical protein  67.2 
 
 		 472 aa  557  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.962893  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0471  nodulation efficiency protein NfeD  68.83 
 
 		 481 aa  551  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0853  hypothetical protein  57.05 
 
 		 472 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1039  hypothetical protein  56.88 
 
 		 456 aa  481  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05880  putative membrane-bound protease  63.92 
 
 		 443 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0491  transmembrane protein  58.92 
 
 		 446 aa  474  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0805  hypothetical protein  58.39 
 
 		 491 aa  467  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.743385  normal  0.719303 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0946  hypothetical protein  53.63 
 
 		 463 aa  462  1e-129  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0248108  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0553  putative lipoprotein  65.95 
 
 		 443 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1082  hypothetical protein  49.49 
 
 		 546 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.409123  hitchhiker  0.00827512 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5652  protein of unknown function DUF107  50.42 
 
 		 522 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.995494 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3548  hypothetical protein  55.63 
 
 		 453 aa  448  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0969305  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0819  protein of unknown function DUF107  54.65 
 
 		 462 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.273876  normal  0.314261 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0749  protein of unknown function DUF107  54.41 
 
 		 464 aa  451  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.482474 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2176  nodulation efficiency protein D  54.4 
 
 		 560 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0916  NfeD family protein  54.4 
 
 		 503 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.654023  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0824  NfeD family protein  54.32 
 
 		 501 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.826176  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5124  hypothetical protein  53.36 
 
 		 508 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.417825 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1805  nodulation competitiveness protein nfeD  53.42 
 
 		 557 aa  438  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151355  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3654  hypothetical protein  54.14 
 
 		 524 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0803  hypothetical protein  54.61 
 
 		 470 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0712  membrane-bound serine protease  54.14 
 
 		 525 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3402  hypothetical protein  54.47 
 
 		 519 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4965  hypothetical protein  54.47 
 
 		 519 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5321  hypothetical protein  54.63 
 
 		 516 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00956153  decreased coverage  0.00774804 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0990  hypothetical protein  59.53 
 
 		 453 aa  421  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.781723 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2129  hypothetical protein  47.69 
 
 		 496 aa  421  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4387  hypothetical protein  52.99 
 
 		 525 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98413  normal  0.116694 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1634  hypothetical protein  50.7 
 
 		 459 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4906  hypothetical protein  52.68 
 
 		 528 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.349599 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1602  Nodulation efficiency protein NfeD  48.16 
 
 		 489 aa  402  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0401  hypothetical protein  51.84 
 
 		 460 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680727  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000357  nfed family protein  48.65 
 
 		 458 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06173  serine protease  49.77 
 
 		 455 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2149  hypothetical protein  51.24 
 
 		 488 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1989  nodulation efficiency protein NfeD  49.89 
 
 		 473 aa  390  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00554582  normal  0.0711803 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0527  non-proteolytic membrane spanning protein, peptidase family S49  51.44 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3369  hypothetical protein  50.22 
 
 		 488 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1661  nfeD family protein  50.72 
 
 		 458 aa  382  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.125508  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4390  protein of unknown function DUF107  49.01 
 
 		 467 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1783  hypothetical protein  48.28 
 
 		 490 aa  377  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2767  nodulation efficiency protein NfeD  49.29 
 
 		 464 aa  375  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1023  membrane-bound serine protease (ClpP class)-like protein  49.53 
 
 		 529 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4519  hypothetical protein  49.44 
 
 		 452 aa  366  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.829865  normal  0.308497 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1642  membrane-bound serine protease (ClpP class)  45.96 
 
 		 455 aa  365  1e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.068778  normal  0.0912481 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2658  hypothetical protein  46.53 
 
 		 501 aa  362  6e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.853599  normal  0.0770417 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0118  hypothetical protein  47.84 
 
 		 488 aa  357  2.9999999999999997e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2684  hypothetical protein  45.48 
 
 		 454 aa  347  3e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1572  hypothetical protein  45.15 
 
 		 498 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0348  hypothetical protein  49.53 
 
 		 465 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2106  protein of unknown function DUF107  40.4 
 
 		 510 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.420737 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1515  hypothetical protein  48.23 
 
 		 486 aa  330  4e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.331785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3380  protein of unknown function DUF107  45.27 
 
 		 467 aa  330  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2887  hypothetical protein  45.37 
 
 		 501 aa  324  2e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3029  hypothetical protein  45.26 
 
 		 501 aa  323  4e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1786  hypothetical protein  43.96 
 
 		 500 aa  322  6e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2190  hypothetical protein  46.28 
 
 		 468 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0017  protein of unknown function DUF107  43.03 
 
 		 437 aa  295  1e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1354  protein of unknown function DUF107  35.82 
 
 		 429 aa  278  1e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000001209  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0465  hypothetical protein  37.73 
 
 		 451 aa  259  8e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00378615  normal  0.0107416 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0871  protein of unknown function DUF107  38.41 
 
 		 444 aa  258  1e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000176034  normal  0.0484156 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2431  hypothetical protein  41.57 
 
 		 433 aa  258  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25642  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2529  nodulation efficiency protein NfeD  36.67 
 
 		 438 aa  253  6e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.942851  normal  0.950756 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0941  protein of unknown function DUF107  40.87 
 
 		 425 aa  249  6e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1213  protein of unknown function DUF107  38.22 
 
 		 439 aa  246  4e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00310663  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3060  protein of unknown function DUF107  37.59 
 
 		 430 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2913  hypothetical protein  39.26 
 
 		 423 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0813  nodulation efficiency protein NfeD  41.61 
 
 		 446 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000363847  hitchhiker  0.000000223757 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0619  hypothetical protein  37.97 
 
 		 443 aa  239  8e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.857657  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1959  membrane-bound serine protease (ClpP class), putative  38.37 
 
 		 470 aa  239  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1169  protein of unknown function DUF107  37.2 
 
 		 434 aa  237  3e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123968 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1477  hypothetical protein  37.76 
 
 		 436 aa  235  1.0000000000000001e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135375  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1025  protein of unknown function DUF107  36.43 
 
 		 453 aa  232  1e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1590  protein of unknown function DUF107  37.65 
 
 		 471 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1495  protein of unknown function DUF107  36.85 
 
 		 471 aa  229  8e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2369  nodulation efficiency protein NfeD  38.26 
 
 		 472 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0864  protein of unknown function DUF107  35.84 
 
 		 447 aa  223  6e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0908581  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1160  nodulation efficiency protein NfeD  34.94 
 
 		 445 aa  217  4e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00735841  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1501  hypothetical protein  34.44 
 
 		 452 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0487319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1306  NfeD protein  41.18 
 
 		 443 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1742  protein of unknown function DUF107  33.33 
 
 		 462 aa  193  4e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0102804 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1803  nodulation efficiency protein NfeD  30 
 
 		 437 aa  192  1e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0037  nodulation efficiency protein NfeD  34.95 
 
 		 452 aa  179  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00280773  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1731  hypothetical protein  32.3 
 
 		 421 aa  172  2e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1013  protein of unknown function DUF107  29.87 
 
 		 455 aa  168  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3474  nodulation efficiency protein NfeD  28.87 
 
 		 442 aa  163  6e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0121141 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1336  hypothetical protein  29.74 
 
 		 464 aa  150  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.965224  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1623  hypothetical protein  30.41 
 
 		 464 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.475533 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0014  hypothetical protein  29.21 
 
 		 427 aa  139  1e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2167  nodulation efficiency protein NfeD  29.38 
 
 		 428 aa  134  3e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1056  hypothetical protein  28.35 
 
 		 438 aa  125  2e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.919893 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1572  hypothetical protein  27.84 
 
 		 436 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.951288  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0167  hypothetical protein  47.71 
 
 		 175 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2227  protein of unknown function DUF107  33.46 
 
 		 424 aa  105  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.46745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0068  hypothetical protein  26.05 
 
 		 454 aa  103  4e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1818  hypothetical protein  31.69 
 
 		 424 aa  100  5e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.163142  normal  0.174622 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>