130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1074 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1074  tyrosine-specific transport protein, putative  100 
 
 		 395 aa  764    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3026  aromatic amino acid permease  93.86 
 
 		 391 aa  673    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0948  aromatic amino acid permease  94.12 
 
 		 391 aa  673    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0912  aromatic amino acid permease  93.86 
 
 		 391 aa  672    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.231999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0897  aromatic amino acid permease  85.93 
 
 		 391 aa  634    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3465  aromatic amino acid permease  85.93 
 
 		 391 aa  635    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230898  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3588  aromatic amino acid permease  86.45 
 
 		 391 aa  637    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.281237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3389  aromatic amino acid permease  86.58 
 
 		 395 aa  646    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0916  aromatic amino acid permease  88.86 
 
 		 395 aa  620  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3938  aromatic amino acid permease  77.55 
 
 		 392 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  0.472237 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3878  aromatic amino acid permease  76.21 
 
 		 391 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00957771  hitchhiker  0.00000285867 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3188  aromatic amino acid permease  68.94 
 
 		 395 aa  526  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.497864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0683  aromatic amino acid permease  73.18 
 
 		 399 aa  519  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.205009  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2939  tyrosine-specific transport protein, putative  74.18 
 
 		 395 aa  520  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.121322  normal  0.0322125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0574  aromatic amino acid permease  68.25 
 
 		 400 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0641  aromatic amino acid permease  65.75 
 
 		 399 aa  489  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0526  aromatic amino acid transporter  42.97 
 
 		 400 aa  305  7e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.560578  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0511  putative tyrosine-specific transport protein  43.73 
 
 		 400 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1774  tyrosine-specific transport protein (tyrosine permease)  43.43 
 
 		 390 aa  291  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2426  aromatic amino acid transporter  41.92 
 
 		 395 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392601  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1307  tyrosine-specific transport protein  42.11 
 
 		 422 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000107929 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2152  tyrosine-specific transport protein  42.11 
 
 		 422 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000242218 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2099  tyrosine-specific transport protein  42.11 
 
 		 422 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.23753e-19 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1184  tyrosine-specific transport protein  42.36 
 
 		 422 aa  290  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.135204  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2092  tyrosine-specific transport protein  42.36 
 
 		 422 aa  289  6e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0842051  hitchhiker  0.0000739999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4434  aromatic amino acid transporter  44.25 
 
 		 400 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2185  aromatic amino acid transporter  43.54 
 
 		 395 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2544  aromatic amino acid transporter  42.17 
 
 		 395 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.487399  decreased coverage  0.00912111 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1925  aromatic amino acid transporter  41.92 
 
 		 395 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00166231  normal  0.036415 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1846  aromatic amino acid transporter  43.29 
 
 		 395 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.510263 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2433  aromatic amino acid transporter  41.67 
 
 		 395 aa  282  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.485869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2065  tyrosine-specific transport protein  43.29 
 
 		 395 aa  281  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1792  aromatic amino acid transporter  43.04 
 
 		 395 aa  279  5e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2186  aromatic amino acid transporter  41.67 
 
 		 395 aa  276  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.338137  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1034  tyrosine-specific transport protein  41.21 
 
 		 403 aa  276  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311327  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1736  aromatic amino acid transporter  41.46 
 
 		 403 aa  276  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000018039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1276  tyrosine-specific transport protein  41.46 
 
 		 403 aa  276  6e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00001928  hitchhiker  0.0000367731 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01875  tyrosine transporter  41.21 
 
 		 403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0104717  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2647  tyrosine-specific transport protein  41.21 
 
 		 403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.588852  hitchhiker  0.0000000318595 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2005  tyrosine-specific transport protein  41.21 
 
 		 403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000529329  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2140  tyrosine-specific transport protein  41.21 
 
 		 403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000592969  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01864  hypothetical protein  41.21 
 
 		 403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00693993  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1729  aromatic amino acid transporter  41.21 
 
 		 403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000563721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0712  tyrosine-specific transport protein  42.78 
 
 		 400 aa  272  7e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2774  tyrosine-specific transport protein  41.37 
 
 		 402 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1318  tyrosine-specific transport protein  41.37 
 
 		 402 aa  271  2e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2853  aromatic amino acid transporter  41.37 
 
 		 402 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1118  aromatic amino acid transporter  39.85 
 
 		 402 aa  260  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2489  aromatic amino acid transporter  41.21 
 
 		 425 aa  259  5.0000000000000005e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3197  aromatic amino acid transporter  40 
 
 		 402 aa  256  5e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003573  tyrosine-specific transport protein  40.85 
 
 		 380 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3276  aromatic amino acid transporter  40.81 
 
 		 402 aa  247  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3298  tyrosine-specific transport protein  39.13 
 
 		 388 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02530  hypothetical protein  39.66 
 
 		 361 aa  228  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06320  hypothetical protein  37.22 
 
 		 385 aa  206  5e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001420  tyrosine-specific transport protein  37.19 
 
 		 385 aa  205  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4108  aromatic amino acid transporter  33.51 
 
 		 418 aa  203  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4307  aromatic amino acid transporter  33.51 
 
 		 418 aa  202  8e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3787  aromatic amino acid transporter  33.78 
 
 		 418 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0158  aromatic amino acid transporter  33.51 
 
 		 418 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4176  aromatic amino acid transporter  33.51 
 
 		 418 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3987  aromatic amino acid transporter  33.78 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4601  tryptophan-specific transport protein  33.24 
 
 		 414 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3860  aromatic amino acid transporter  33.51 
 
 		 418 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1166  tyrosine-specific transport protein  36.73 
 
 		 405 aa  199  5e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0780  tyrosine-specific transport protein  38.1 
 
 		 403 aa  199  9e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000892482  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1337  tyrosine-specific transport protein (tyrosine permease)  34.6 
 
 		 384 aa  196  5.000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3479  aromatic amino acid transport protein  35.29 
 
 		 418 aa  193  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3778  aromatic amino acid transporter  32.18 
 
 		 418 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3513  aromatic amino acid transport protein  31.38 
 
 		 417 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0202  aromatic amino acid transporter  31.58 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71710  tryptophan permease  31.43 
 
 		 417 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.268423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3995  aromatic amino acid transporter  31.73 
 
 		 418 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1562  tryptophan-specific transport protein  31.51 
 
 		 416 aa  177  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000304843  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0709  hypothetical protein  34.86 
 
 		 398 aa  176  4e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3531  aromatic amino acid transporter  32.18 
 
 		 418 aa  177  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0691  hypothetical protein  34.61 
 
 		 398 aa  176  5e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2776  aromatic amino acid transporter  30.71 
 
 		 414 aa  176  5e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0182  aromatic amino acid transporter  31.91 
 
 		 418 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2697  tryptophan-specific transport protein  30.71 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0262  aromatic amino acid transporter  31.12 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6222  tryptophan permease  30.91 
 
 		 467 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1511  tryptophan-specific transport protein  30.18 
 
 		 412 aa  168  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1031  aromatic amino acid transporter  31.05 
 
 		 425 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0710  hypothetical protein  30.02 
 
 		 396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0692  hypothetical protein  30.02 
 
 		 396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3236  aromatic amino acid transporter  30.05 
 
 		 414 aa  163  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0991  tryptophan permease  29.74 
 
 		 424 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0448  tyrosine-specific transport protein  35.17 
 
 		 426 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1723  tryptophan/tyrosine permease family protein  35.17 
 
 		 424 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0755  tryptophan permease  30 
 
 		 424 aa  160  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1135  aromatic amino acid transporter  29.95 
 
 		 409 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.55679  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0097  aromatic amino acid transporter  28.76 
 
 		 419 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.103921  normal  0.507347 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5140  tryptophan permease TnaB  29.18 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.406172 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4258  aromatic amino acid transporter  28.23 
 
 		 415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4285  tryptophan permease TnaB  28.23 
 
 		 415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03593  tryptophan transporter of low affinity  28.91 
 
 		 415 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03537  hypothetical protein  28.91 
 
 		 415 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3923  tryptophan permease TnaB  28.91 
 
 		 415 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4218  tryptophan permease TnaB  28.91 
 
 		 415 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>