144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0011 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna137  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna141  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna139  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna145  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000913211  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna150  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000104181  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01235  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01241  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna134  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0025  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t41  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.821705  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0038  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0044  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.126068 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3143t  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000544986  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0017  tRNA-Gln  84.85 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000220842  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3147t  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000099101  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3145t  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3152t  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000938948  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlnVIMSS1309278  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0004  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0036  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427859  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0004  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.164549  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>