299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0049 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  92.75 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  96.08 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  96.08 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  96.08 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0005  tRNA-Gln  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000119132  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0036  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427859  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0046  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.11041  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1769  tRNA-Gln  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157848  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1766  tRNA-Gln  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000182708  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1775  tRNA-Gln  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000331102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0050  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000077158  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  87.88 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011091  hitchhiker  0.000000000474372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  87.88 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  89.04 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t18  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3091  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t54  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0869713 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60300  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.18805  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R75  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0688488  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0168  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0049  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.859256  hitchhiker  0.000000216539 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0044  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.275376 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60290  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61760  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.486139  hitchhiker  0.00483017 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>