231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4346 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0025  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0028  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0018  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000387356  hitchhiker  0.0000000187085 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R75  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0688488  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0044  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.275376 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t18  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3091  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t54  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0869713 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  93.44 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60290  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184905  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60300  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.18805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61760  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.486139  hitchhiker  0.00483017 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0015  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.060017  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0036  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427859  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0016  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000000363551  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0053  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000068806  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0038  tRNA-Gln  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0236  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0012758  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1924  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00590264  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  90.16 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000114888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000124601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0760  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000001352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000153053  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01235  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4651  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.16576e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0005  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0795  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000207498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000520956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0028  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0783  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000582426  normal  0.4419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0761  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000167269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0782  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000722917  normal  0.446267 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0033  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0063  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000556049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000907062  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01241  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna134  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>