183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BR_t06 on replicon NC_004310
Organism: Brucella suis 1330



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  100 
 
 
72 bp  143  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  100 
 
 
77 bp  143  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  143  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  143  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  97.22 
 
 
75 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  95.83 
 
 
75 bp  119  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  95.83 
 
 
75 bp  119  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  97.22 
 
 
74 bp  119  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  94.44 
 
 
74 bp  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  93.06 
 
 
75 bp  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  93.06 
 
 
75 bp  103  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  94.44 
 
 
74 bp  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  93.06 
 
 
75 bp  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  93.06 
 
 
75 bp  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  93.06 
 
 
75 bp  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  96.49 
 
 
75 bp  97.6  3e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  91.67 
 
 
75 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  90.28 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  90.28 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  90.28 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  90.28 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000114888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000124601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0760  tRNA-Gln  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000001352  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0063  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna145  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000913211  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016844  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0795  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000207498  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0782  tRNA-Gln  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000722917  normal  0.446267 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0783  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000582426  normal  0.4419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0033  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000784737  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000907062  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000520956  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000556049  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna137  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna150  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000104181  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna134  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000153053  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna139  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0761  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000167269  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna141  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01235  tRNA-Gln  94.55 
 
 
72 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01241  tRNA-Gln  94.55 
 
 
72 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4651  tRNA-Gln  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.16576e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  94.55 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268732  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  91.8 
 
 
72 bp  81.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  88.89 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0025  tRNA-Gln  88.89 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0028  tRNA-Gln  88.89 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  88.89 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0016  tRNA-Gln  92.86 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000000363551  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0053  tRNA-Gln  92.86 
 
 
72 bp  79.8  0.00000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000068806  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0829  tRNA-Gln  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000799298  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  91.23 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0028  tRNA-Gln  89.04 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127569  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  89.04 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  97.56 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  97.56 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0018  tRNA-Gln  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000387356  hitchhiker  0.0000000187085 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  87.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0032  tRNA-Gln  90.91 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  93.62 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0064  tRNA-Gln  90.91 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0165002  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0045  tRNA-Gln  90.91 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000078833  normal  0.0156907 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0046  tRNA-Gln  90.91 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000171717  normal  0.0156007 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  95.24 
 
 
72 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0036  tRNA-Gln  88.71 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427859  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0236  tRNA-Gln  90.74 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0012758  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1924  tRNA-Gln  90.74 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00590264  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0005  tRNA-Gln  87.67 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0038  tRNA-Gln  88.52 
 
 
72 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  88.52 
 
 
72 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  95.12 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1847  tRNA-Gln  91.23 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  88.52 
 
 
72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  88.52 
 
 
72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>