151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4559 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 77 bp  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  97.22 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  91.18 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000114888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000124601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0760  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000001352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0033  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0032  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0063  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0761  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000167269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0783  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000582426  normal  0.4419 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0782  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000722917  normal  0.446267 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000784737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4651  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.16576e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0045  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000078833  normal  0.0156907 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0046  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000171717  normal  0.0156007 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000907062  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000153053  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0795  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000207498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000556049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000520956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0064  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0165002  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  90.16 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0016  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000000363551  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0053  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000068806  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0028  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna139  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna141  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna145  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000913211  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna137  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna134  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0025  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01235  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01241  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna150  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000104181  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0829  tRNA-Gln  87.88 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000799298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0028  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0079  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1538  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1545  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  3.87406e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0018  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000387356  hitchhiker  0.0000000187085 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>