211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0004 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  98 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  98 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  98 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  96.08 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0005  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000119132  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1769  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157848  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1775  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000331102  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1766  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000182708  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  97.37 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  97.37 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0016  tRNA-Gln  92 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000000363551  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0053  tRNA-Gln  92 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000068806  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  97.22 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0168  tRNA-Gln  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5652  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000646012  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5661  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000000728677  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5682  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0259032  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5689  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000231453  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187626  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000184976  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gln-4  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000158624  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000198835  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0951866  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.75916e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gln-4  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000252021  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0262249  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000616644  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000069751  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gln-4  tRNA-Gln  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000190168  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5727  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000826776  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0047  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000522107  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5143  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000037642  normal  0.817541 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0085  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000545364  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0089  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0127178  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000964949  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000106014  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000553  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gln-4  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000160535  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0274  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0611  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000107562  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0855  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000488484  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5655  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000792898  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5669  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000100542  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0172  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0373789 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0038  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000497098  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4766  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000101548  hitchhiker  8.34658e-17 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0038  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.258408  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0099  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000157171  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0048  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000232523  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4576  tRNA-Gln  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0809637 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0095  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000269172  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0780  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.63949e-30 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5717  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00280638  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5047  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000895408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0296  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000266549  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0193  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000238459  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0536  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34797e-32 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0058  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0022  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.310652  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2518  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0017354  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>