159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0010 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0068  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0493446  normal  0.903824 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0168  tRNA-Gln  88.14 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0079  tRNA-Gln  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0025  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  86.36 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t41  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.821705  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0028  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0017  tRNA-Gln  85.29 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000220842  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  85.29 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  85.29 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  85.29 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>