82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0019 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  88.71 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000000064981  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0079  tRNA-Gln  87.88 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0053  tRNA-Gln  96.97 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000068806  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0016  tRNA-Gln  96.97 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000000363551  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0168  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0022  tRNA-Gln  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.310652  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  92.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1924  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00590264  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0236  tRNA-Gln  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0012758  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1545  tRNA-Gln  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  3.87406e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1538  tRNA-Gln  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  83.56 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna3  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491814  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0017  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000220842  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0020  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000533123  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0054  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000241961  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0045  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000172199  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0829  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000799298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0020  tRNA-Gln  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188813 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0061  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0046  tRNA-Gln  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.11041  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  83.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  83.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  83.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0068  tRNA-Gln  94.12 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0493446  normal  0.903824 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>