95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0020 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0020  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188813 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0050  tRNA-Gln  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.124886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0043  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.150748  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0815  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.0000000161826  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  93.48 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  93.48 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1775  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000331102  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1769  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157848  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1766  tRNA-Gln  95.12 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000182708  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  86.3 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0046  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.11041  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0005  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0087  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0024  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1503  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000219076  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0005  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460384  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0570  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000532927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0586  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2931  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000617655  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0024  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0139965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0014  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0148623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0074  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0053  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000118291 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0071  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00551924  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0074  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000268216  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03325  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000226692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0074  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000468703  normal  0.392189 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0806807  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0048  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00493413  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0086  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0475  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151884  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0754  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  94.87 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  94.87 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0081  tRNA-Gln  85.92 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  94.87 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  94.87 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  94.87 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2251  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2162  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.133537  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1099  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000225043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1723  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0605  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0049  tRNA-Gln  92.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.859256  hitchhiker  0.000000216539 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0013  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.909375  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  94.44 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0022  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.310652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  85 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  85 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0048  tRNA-Gln  89.36 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.181876  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1452  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0024  tRNA-Gln  96.67 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6019500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0032  tRNA-Gln  96.67 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00171845  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0027  tRNA-Gln  89.13 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000292778  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0068  tRNA-Gln  96.67 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.118963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>