107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0050 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0050  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.124886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0020  tRNA-Gln  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188813 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0043  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.150748  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0815  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.0000000161826  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03325  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000226692  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0806807  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0754  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0475  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151884  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0048  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00493413  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0074  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000268216  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0071  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00551924  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0005  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0087  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1503  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000219076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0570  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000532927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0586  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2931  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000617655  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0024  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0086  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0014  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0148623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0074  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0053  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000118291 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0074  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000468703  normal  0.392189 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0024  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0139965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0046  tRNA-Gln  88.33 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.11041  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0005  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460384  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0081  tRNA-Gln  87.32 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  92.16 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  92.16 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  92.16 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0022  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.310652  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1723  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1099  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000225043  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0605  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  86.15 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  86.15 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1766  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000182708  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1769  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157848  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1775  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000331102  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  84.93 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0049  tRNA-Gln  84.93 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.859256  hitchhiker  0.000000216539 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0027  tRNA-Gln  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000292778  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0013  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.909375  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2162  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.133537  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2251  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1452  tRNA-Gln  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0041  tRNA-Gln  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.694008  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  90.48 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  90.48 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGlnVIMSS1309134  tRNA-Gln  90.48 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.500846  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlnVIMSS1309214  tRNA-Gln  90.48 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.186367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlnVIMSS1309278  tRNA-Gln  90.48 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>