195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0077 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  98.68 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0046  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0009  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0475  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151884  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0018  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0048  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00493413  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0024  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0139965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0074  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000268216  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0071  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00551924  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0062  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0074  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000468703  normal  0.392189 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0074  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0081  tRNA-Gln  94.37 
 
 		 74 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108176  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03325  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000226692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0014  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0148623  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0806807  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0754  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0086  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0024  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0005  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0087  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1503  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000219076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0570  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000532927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0586  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2931  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000617655  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0005  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460384  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0020  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.078566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0043  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.613613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0053  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000118291 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0043  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0042  tRNA-Gln  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  97.73 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  97.73 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  97.73 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0041  tRNA-Gln  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.694008  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  95.35 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  95.35 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  88.31 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011091  hitchhiker  0.000000000474372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0079  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0050  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.124886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_896  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000031288  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>