130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0004 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t41  tRNA-Gln  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.821705  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0062  tRNA-Gln  91.38 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0022  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.310652  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0053  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000118291 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0021  tRNA-Gln  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0039  tRNA-Gln  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.588412  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGlnVIMSS1309102  tRNA-Gln  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGlnVIMSS1309134  tRNA-Gln  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.500846  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlnVIMSS1309214  tRNA-Gln  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.186367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGlnVIMSS1309175  tRNA-Gln  90.2 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  91.38 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  91.38 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0046  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0046  tRNA-Gln  84.85 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.11041  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0236  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0012758  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1924  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00590264  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0046  tRNA-Gln  89.66 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0009  tRNA-Gln  89.66 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03325  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000226692  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0806807  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0754  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0090  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.925974  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0005  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0087  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1503  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000219076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0570  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000532927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0586  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2931  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000617655  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0005  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460384  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0014  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0148623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0475  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151884  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0074  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000268216  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0071  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00551924  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0024  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0086  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0017  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0188037  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0074  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11094  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>