86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0014 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  97.78 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0305  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0067  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0065  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000612595  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0028  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.242939  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0026  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.151797  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0061  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t1806  tRNA-Gln  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000098323  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0406  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.426479  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gln-4  tRNA-Gln  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000169355  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000150139  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00741063  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2564  tRNA-Gln  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0093  tRNA-Gln  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0638  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00000166232  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1386  tRNA-Gln  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000259699  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0028  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0036  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427859  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0052  tRNA-Gln  86.27 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0015  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.060017  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0025  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0028  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>