160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0012 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0022  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.310652  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0013  tRNA-His  92.59 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0132722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0067  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0065  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000612595  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0026  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.151797  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0028  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.242939  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0046  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.11041  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0015  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.060017  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  91.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0036  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0092  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.603959  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0038  tRNA-His  93.33 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0027  tRNA-His  93.33 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0005  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0004  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0004  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.164549  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>