240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_R0026 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_R0065  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000612595  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0028  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.242939  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0026  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.151797  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0067  tRNA-Gln  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0114  tRNA-Gln  94.67 
 
 
76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.1228e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  94.67 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4260  tRNA-Gln  93.33 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09084e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0328  tRNA-Gln  93.33 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000157113  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0033  tRNA-Gln  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000894061  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  94.64 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0068  tRNA-Gln  90.67 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.118963  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0024  tRNA-Gln  90.67 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6019500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0030  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629379  hitchhiker  0.000801713 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0032  tRNA-Gln  90.67 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00171845  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  92.73 
 
 
72 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  88 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  88 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  92.73 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0099  tRNA-Gln  88 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000895438  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  87.84 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  93.75 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0090  tRNA-Gln  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.925974  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0098  tRNA-Gln  87.5 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000865732  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  93.75 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000114888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000124601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000907062  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000784737  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0119  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00174205  normal  0.184991 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000153053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016844  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000556049  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0157  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000220492  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268732  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>