101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0046 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0014  tRNA-Gln  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323389  normal  0.291127 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0061  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0048  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000709091  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  87.1 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  86.15 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4260  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09084e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0328  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000157113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0033  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000894061  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  88.68 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0006  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0041  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.20409e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0018  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0046  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0009  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0043  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0043  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.613613  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt09  tRNA-Gln  85.48 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt09  tRNA-Gln  85.48 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0004  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0004  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.164549  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna3  tRNA-Gln  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491814  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0068  tRNA-Gln  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0493446  normal  0.903824 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>