82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0014 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_R0014  tRNA-Gln  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323389  normal  0.291127 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna3  tRNA-Gln  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491814  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4257  tRNA-Gln  95.35 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.43895e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4258  tRNA-Gln  95.35 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.53905e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0330  tRNA-Gln  95.35 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000145086  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0031  tRNA-Gln  95.35 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750254  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0030  tRNA-Gln  95.35 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000771762  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  89.29 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0044  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.275376 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  97.06 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  85.71 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R75  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0688488  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  85.53 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  85.92 
 
 
72 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  87.5 
 
 
75 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61760  tRNA-Gln  85.14 
 
 
72 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.486139  hitchhiker  0.00483017 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60290  tRNA-Gln  85.14 
 
 
72 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184905  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60300  tRNA-Gln  85.14 
 
 
72 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.18805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t18  tRNA-Gln  85.14 
 
 
72 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3091  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t54  tRNA-Gln  85.14 
 
 
72 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0869713 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  93.94 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  93.94 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0061  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  84.21 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  88.64 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0050  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000011016  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0035  tRNA-Gln  85.71 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000014299  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  88.37 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  88.37 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011091  hitchhiker  0.000000000474372 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0017  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0188037  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1099  tRNA-Gln  88.1 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000225043  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1723  tRNA-Gln  88.1 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0605  tRNA-Gln  88.1 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  88.1 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>