249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0055 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna3  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491814  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0014  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323389  normal  0.291127 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 75 bp  89.7  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  95.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt09  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt09  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0099  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000895438  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  87.32 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0005  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011091  hitchhiker  0.000000000474372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  87.32 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R75  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0688488  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0044  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.275376 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1775  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000331102  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1766  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000182708  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1769  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157848  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0046  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0009  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0151  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000916325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0149  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000775027  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  85.92 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0154  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0147  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000746626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>