299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0001 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0151  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000916325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0129  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000954421  normal  0.381097 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0127  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0027737  normal  0.534366 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0147  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000746626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0149  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000775027  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0119  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00174205  normal  0.184991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0154  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0157  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000220492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4257  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.43895e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0030  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000771762  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0031  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750254  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0330  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000145086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0126  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000102885  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4258  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.53905e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0005  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0038  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011091  hitchhiker  0.000000000474372 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0071  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.429355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0072  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.212883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000784737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000520956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>