299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1773 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1766  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000182708  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1769  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157848  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1775  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000331102  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  98.04 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  98.04 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  96.3 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  94.83 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  91.8 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  91.8 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  94.34 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  91.8 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna134  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt09  tRNA-Gln  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt09  tRNA-Gln  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0005  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000119132  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0129  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000954421  normal  0.381097 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0030  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000771762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0154  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0157  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000220492  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0149  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000775027  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0147  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000746626  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0151  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000916325  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0005  tRNA-Gln  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0031  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750254  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0330  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000145086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4257  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.43895e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0119  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00174205  normal  0.184991 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4258  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.53905e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0126  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000102885  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0127  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0027737  normal  0.534366 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01241  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  90.57 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna150  tRNA-Gln  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000104181  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna139  tRNA-Gln  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0038  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna137  tRNA-Gln  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2518  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0017354  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2529  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151997  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2621  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0485041  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2222  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000059382  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2233  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000181796  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2307  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000654744  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna141  tRNA-Gln  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna145  tRNA-Gln  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000913211  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0099  tRNA-Gln  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000895438  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>