290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_R0030 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  98.04 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1775  tRNA-Gln  96.08 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000331102  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1766  tRNA-Gln  96.08 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000182708  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1769  tRNA-Gln  96.08 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157848  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  89.19 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0005  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0129  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000954421  normal  0.381097 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0147  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000746626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0126  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000102885  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0119  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00174205  normal  0.184991 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0149  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000775027  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0154  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0151  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000916325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0157  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000220492  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0127  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0027737  normal  0.534366 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0330  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000145086  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  97.37 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  97.37 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0030  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000771762  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4258  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.53905e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0031  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750254  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4257  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.43895e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0038  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>