281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA16 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0028  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.242939  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0026  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.151797  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0065  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000612595  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0067  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  93.62 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  93.62 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0036  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427859  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01241  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01235  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0013  tRNA-His  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0132722  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0015  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.060017  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna137  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>