162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_R0001 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0046  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0009  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0020  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.078566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0005  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460384  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0014  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0148623  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03325  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000226692  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0806807  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0754  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0005  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0087  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1503  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000219076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0570  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000532927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0586  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2931  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000617655  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0043  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.613613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0043  tRNA-Gln  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0086  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0024  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  92.11 
 
 		 75 bp  97.6  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0475  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151884  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0018  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0048  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00493413  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0074  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000268216  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0071  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00551924  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0074  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000468703  normal  0.392189 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0062  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0074  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0024  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0139965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0042  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0081  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0053  tRNA-Gln  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000118291 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  88.31 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna3  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491814  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  93.48 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  93.48 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0014  tRNA-Gln  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323389  normal  0.291127 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  87.3 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0090  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.925974  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>