78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0018 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0018  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0043  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0043  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.613613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0046  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0009  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0042  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0062  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0005  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0014  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0148623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2931  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000617655  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0586  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228924  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0087  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0005  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460384  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0754  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0806807  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03325  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000226692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1503  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000219076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0570  tRNA-Gln  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000532927  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0048  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00493413  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0071  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00551924  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0074  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000268216  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0024  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0086  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0074  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0074  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000468703  normal  0.392189 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0020  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.078566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0024  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0139965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0475  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151884  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0081  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0053  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000118291 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0041  tRNA-Gln  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.694008  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0033  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000894061  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4260  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09084e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0328  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000157113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0057  tRNA-Gln  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0036  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000169223  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t015  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000513165  hitchhiker  0.000000000516486 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0123  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00201303  hitchhiker  0.000458839 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0079  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0114  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000001247  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0037  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000166881  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0040  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000435375  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0106  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000012042  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0667259  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_896  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000031288  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2234  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0034  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253342  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>