More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2146 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  91.25 
 
 
86 bp  103  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  92.75 
 
 
82 bp  89.7  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  88.75 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  92.65 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  88.75 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0007  tRNA-Tyr  92.19 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  89.87 
 
 
85 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  89.87 
 
 
85 bp  85.7  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0060  tRNA-Tyr  90.91 
 
 
86 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0019  tRNA-Tyr  90.91 
 
 
86 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172522  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  91.3 
 
 
82 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  89.04 
 
 
86 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  88.75 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0060  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
83 bp  79.8  0.0000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  79.8  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  88.61 
 
 
85 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  90 
 
 
82 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  87.01 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  89.04 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  87.67 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  89.71 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  89.71 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  89.71 
 
 
82 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  86.08 
 
 
86 bp  69.9  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  86.08 
 
 
86 bp  69.9  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  89.39 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  87.88 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  89.66 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  89.66 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
83 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>