52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0053 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0053  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000118291 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0024  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0139965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0074  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000468703  normal  0.392189 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0074  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0071  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00551924  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0475  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151884  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0074  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000268216  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0048  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00493413  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0081  tRNA-Gln  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0024  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0005  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0087  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1503  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000219076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0570  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000532927  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0586  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2931  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000617655  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0806807  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0086  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0014  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0148623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0005  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460384  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03325  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000226692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0754  tRNA-Gln  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0062  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0046  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0009  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0024  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.578879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0020  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.078566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0018  tRNA-Gln  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0043  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.613613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0043  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0042  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0043  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.150748  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0050  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.124886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0020  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188813 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0042  tRNA-His  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.771364  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0033  tRNA-His  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000862189  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0042  tRNA-His  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0033  tRNA-His  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000464813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>