82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0043 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_R0043  tRNA-Gln  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.150748  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0050  tRNA-Gln  97.33 
 
 
76 bp  133  6e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.124886  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0020  tRNA-Gln  94.67 
 
 
76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00188813 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0017  tRNA-Gln  89.33 
 
 
75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0205795  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0570  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.000532927  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0005  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0087  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  95.56 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0071  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00551924  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0074  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000268216  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0024  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0139965  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0074  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.11094  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0074  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000468703  normal  0.392189 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1503  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000219076  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0048  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00493413  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0475  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151884  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0005  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.460384  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0586  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.228924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2931  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000617655  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0754  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0053  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000118291 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0014  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0148623  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0806807  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0086  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0024  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS03325  tRNA-Gln  87.01 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000226692  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0815  tRNA-Gln  90.2 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.0000000161826  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  95.24 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  88.89 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  95.24 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  95.24 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0081  tRNA-Gln  86.49 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108176  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0013  tRNA-Gln  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.854264  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0005  tRNA-Gln  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187947  hitchhiker  0.00431383 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0046  tRNA-Gln  92.5 
 
 
75 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.11041  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  96.77 
 
 
75 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  96.77 
 
 
75 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  85.71 
 
 
72 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  92.86 
 
 
72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1769  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000157848  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0003  tRNA-Gln  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.402253 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0004  tRNA-Gln  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.39756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0005  tRNA-Gln  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.400107 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1766  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000182708  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  92.68 
 
 
72 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1775  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000331102  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  96.55 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0022  tRNA-Gln  90.91 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.310652  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0069  tRNA-Gln  84.21 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  89.36 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1452  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0027  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000292778  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0605  tRNA-Gln  93.55 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0049  tRNA-Gln  92.31 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.859256  hitchhiker  0.000000216539 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  93.55 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  89.36 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1723  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  89.36 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2251  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2162  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.133537  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1099  tRNA-Gln  93.55 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000225043  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGlnVIMSS1309102  tRNA-Gln  90.48 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGlnVIMSS1309134  tRNA-Gln  90.48 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.500846  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlnVIMSS1309214  tRNA-Gln  90.48 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.186367  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0039  tRNA-Gln  90.48 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.588412  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlnVIMSS1309278  tRNA-Gln  90.48 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGlnVIMSS1309175  tRNA-Gln  90.48 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0021  tRNA-Gln  90.48 
 
 
72 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0023  tRNA-Trp  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>