132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_R0019 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0019    100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0058  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.429092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0073  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0767991 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0019  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0014  tRNA-Gln  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  97.87 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0067  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0002  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0065  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000612595  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0028  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.242939  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0026  tRNA-Gln  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.151797  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0305  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0061  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0580  tRNA-Gln  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000400154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00709266  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0028  tRNA-Gln  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0036  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427859  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00008  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000112561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00009  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000116069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0066  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.69731e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3564  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3565  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0030  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000433047  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0066  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0358271  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4260  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09084e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0758  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0757  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000702107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4648  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000366514  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4649  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000820589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5014  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209766  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0328  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000157113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0033  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000894061  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0079  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0080  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000246574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0686  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000180239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0687  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000017545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0581  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000459899  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0732  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000561331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0733  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000545743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0791  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0431042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0792  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00549034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0826  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000524699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0827  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000850909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0718  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136719  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0719  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000164709  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0779  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000652384  normal  0.543785 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0780  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000640046  normal  0.628389 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>