299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_rna139 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_rna137  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna150  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000104181  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna145  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000913211  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna141  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna139  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01235  tRNA-Gln  100 
 
 		 72 bp  143  7e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna134  tRNA-Gln  98.59 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01241  tRNA-Gln  98.53 
 
 		 72 bp  127  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3147t  tRNA-Gln  95.08 
 
 		 72 bp  97.6  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000099101  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3143t  tRNA-Gln  95.08 
 
 		 72 bp  97.6  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000544986  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3152t  tRNA-Gln  95.08 
 
 		 72 bp  97.6  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000938948  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3145t  tRNA-Gln  95.08 
 
 		 72 bp  97.6  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000114888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000124601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0782  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000722917  normal  0.446267 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4651  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.16576e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000520956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000153053  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000784737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0783  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000582426  normal  0.4419 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0760  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000001352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000907062  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0795  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000207498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0761  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000167269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0033  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000556049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0063  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  91.43 
 
 		 75 bp  91.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0829  tRNA-Gln  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000799298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0045  tRNA-Gln  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000078833  normal  0.0156907 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0046  tRNA-Gln  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000171717  normal  0.0156007 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0032  tRNA-Gln  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0064  tRNA-Gln  88.57 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0165002  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  89.39 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  87.14 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0053  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000068806  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0016  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000000363551  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0065  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000612595  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1773  tRNA-Gln  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0028  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.242939  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0026  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.151797  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0067  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.002729  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0123  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000509299  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0126  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000102885  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0121  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.18894 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187626  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000184976  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gln-4  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000158624  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0119  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00174205  normal  0.184991 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000964949  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000106014  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gln-3  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000553  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gln-4  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000160535  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4257  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.43895e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0095  tRNA-Gln  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000269172  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>