53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4616 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4616  phasin  100 
 
 		 143 aa  287  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1471  phasin 2 protein  84.62 
 
 		 143 aa  256  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1449  phasin 2  80.42 
 
 		 143 aa  242  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3940  phasin 2  78.72 
 
 		 143 aa  231  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.931407 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1251  phasin 2  63.7 
 
 		 137 aa  184  4e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0500209  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6819  hypothetical protein  61.81 
 
 		 144 aa  182  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1014  phasin 2  62.31 
 
 		 148 aa  176  9e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.177395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3769  phasin  46.51 
 
 		 173 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0399298  normal  0.640636 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0828  hypothetical protein  35.56 
 
 		 149 aa  84.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.330943  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3941  phasin 2  35.04 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.96884 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0319  phasin  33.83 
 
 		 148 aa  78.2  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.977242  normal  0.386124 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0414  phasin  35.2 
 
 		 149 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.34291  hitchhiker  0.0000940874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0382  phasin  35.2 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336721 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0172  phasin  36.03 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2345  phasin  37.27 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.861194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1448  phasin 2  32.48 
 
 		 127 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1470  phasin 2  32.48 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4617  phasin  29.91 
 
 		 127 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1250  phasin 2  30.77 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0474327  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5937  phasin  32.26 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0420528  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3768  hypothetical protein  30.4 
 
 		 184 aa  65.1  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.172274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2947  phasin  29.37 
 
 		 147 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.66474  normal  0.0420425 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5600  phasin  28.57 
 
 		 162 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.606302  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5203  phasin  29.37 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.410344  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5238  phasin  33.33 
 
 		 123 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4356  phasin  35.29 
 
 		 118 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1013  hypothetical protein  31.13 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.172073 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2492  phasin  28.57 
 
 		 158 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0332487  normal  0.350636 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1257  hypothetical protein  28.85 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2326  phasin  28.44 
 
 		 116 aa  57  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.483955  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0095  hypothetical protein  29.63 
 
 		 120 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4277  phasin  28.33 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2560  phasin  28.33 
 
 		 158 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.803417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2783  phasin  28.33 
 
 		 158 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.480344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5741  phasin  29.81 
 
 		 116 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00128464 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2181  phasin  32.48 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1910  phasin  26.67 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.152182  hitchhiker  0.0055421 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2223  phasin  29.03 
 
 		 118 aa  52  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2499  phasin  29.03 
 
 		 118 aa  52  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0784  hypothetical protein  29.36 
 
 		 140 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0120  hypothetical protein  34.25 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6390  phasin  27.88 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8196  hypothetical protein  26.92 
 
 		 116 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0351  hypothetical protein  30.77 
 
 		 112 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0093  hypothetical protein  34.92 
 
 		 113 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2863  hypothetical protein  27.14 
 
 		 157 aa  43.9  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00114886  normal  0.0679863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0493  hypothetical protein  26.47 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.637535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3643  phasin 2  24.82 
 
 		 163 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0683  hypothetical protein  30.14 
 
 		 113 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.551573 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4291  phasin  22.3 
 
 		 167 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000336329  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4776  hypothetical protein  31.31 
 
 		 113 aa  40.8  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4538  hypothetical protein  29.41 
 
 		 114 aa  40  0.01  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1658  phasin 2  20.14 
 
 		 169 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>