50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3940 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3940  phasin 2  100 
 
 		 143 aa  286  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.705033  normal  0.931407 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4616  phasin  78.72 
 
 		 143 aa  231  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1471  phasin 2 protein  75.52 
 
 		 143 aa  225  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1449  phasin 2  74.29 
 
 		 143 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6819  hypothetical protein  65.44 
 
 		 144 aa  177  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1251  phasin 2  64.84 
 
 		 137 aa  175  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0500209  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1014  phasin 2  62.02 
 
 		 148 aa  172  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.177395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3769  phasin  48.51 
 
 		 173 aa  127  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0399298  normal  0.640636 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0828  hypothetical protein  38.24 
 
 		 149 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.330943  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0319  phasin  36.92 
 
 		 148 aa  80.9  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.977242  normal  0.386124 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0414  phasin  35.29 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.34291  hitchhiker  0.0000940874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0382  phasin  35.29 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336721 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2345  phasin  39.25 
 
 		 118 aa  73.9  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.861194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3941  phasin 2  31.36 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.96884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0172  phasin  35.65 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4617  phasin  28.21 
 
 		 127 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3768  hypothetical protein  36.28 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.172274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1250  phasin 2  28.21 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0474327  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1448  phasin 2  30.77 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1470  phasin 2  30.77 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4356  phasin  36.13 
 
 		 118 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5203  phasin  31.09 
 
 		 147 aa  62  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.410344  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4277  phasin  30.95 
 
 		 210 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5600  phasin  29.17 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.606302  normal  0.602555 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0095  hypothetical protein  35.19 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2947  phasin  30.25 
 
 		 147 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.66474  normal  0.0420425 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5937  phasin  31.25 
 
 		 128 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0420528  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2492  phasin  30.16 
 
 		 158 aa  57  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0332487  normal  0.350636 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1910  phasin  33.33 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.152182  hitchhiker  0.0055421 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2560  phasin  29.17 
 
 		 158 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.803417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1013  hypothetical protein  27.68 
 
 		 126 aa  53.9  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.172073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2783  phasin  29.17 
 
 		 158 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.480344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5238  phasin  32.17 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2181  phasin  34.75 
 
 		 117 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1257  hypothetical protein  28.7 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2223  phasin  32.2 
 
 		 118 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2499  phasin  32.2 
 
 		 118 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.586932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3643  phasin 2  26.28 
 
 		 163 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.468066 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0120  hypothetical protein  30.39 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5741  phasin  29.13 
 
 		 116 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00128464 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0493  hypothetical protein  30.93 
 
 		 107 aa  47  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.637535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4291  phasin  24.26 
 
 		 167 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000336329  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0351  hypothetical protein  30.23 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0683  hypothetical protein  26.67 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.551573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2863  hypothetical protein  27.94 
 
 		 157 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00114886  normal  0.0679863 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2258  hypothetical protein  29.07 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00160562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0093  hypothetical protein  33.33 
 
 		 113 aa  42  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2419  hypothetical protein  30.39 
 
 		 112 aa  41.6  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00161449  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1822  phasin 2  22.46 
 
 		 159 aa  41.2  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.261199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1698  hypothetical protein  37.7 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00195798  normal  0.719184 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>